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3個片段的重疊pcr能否一步到位?
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有三個片段,分別為330 150 250bp,兩個接頭都有20bp的重疊序列,想一次性拼起來。PCR時分步進行,先是不加引物,單純擴模板。希望得到三個片段正確連接的模板。然后加入第一個片段的上游引物和第三個片段的下游引物,做了好幾次了,之前都會出現(xiàn)250bp的條帶,又一次在目的條帶大小處有點模糊的亮區(qū),但是比250bp處的條帶暗很多。最后一次什么條帶都沒了。 拼模板時的退火溫度試過55至40℃的梯度,和40到30℃的touchdown,都是10個循環(huán),后面加入引物的擴增試過50-68℃的梯度,都沒有能成功。我自己覺得問題主要處在3片段的模板沒有連出來。不知道有沒有人遇到過類似的情況?該怎么解決? 關(guān)于出現(xiàn)250bp的非目的條帶,懷疑是單引物擴增,引物第三個片段剛好也是250bp的樣子。不知道這種情況在不跟換引物的前提下還能不能做下去? |



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木蟲 (著名寫手)


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