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小周鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
重疊延伸PCR引物合成求助
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最近想把兩個(gè)DNA片段連起來,想用SOE PCR的方法,看了半天引物設(shè)計(jì)時(shí)都沒有搞明白。 假設(shè)我的片段A序列為:5’CGA GGATCCAG CATG GAG ACA GAC ACA CTC CTG CTA TGG GTA CTG ........ ACT GGT GACCAT CAT CAC CAT CAC CAT3’ B片段的序列為:5’GACGATGACGACAAGccagtaccccc................agggctcttcggcaaatgtaaGTCGACCAGG3’ 希望的結(jié)果為A在前B在后: 5’CGA GGATCCAG CATG GAG ACA GAC ACA CTC CTG CTA TGG GTA CTG ........ ACT GGT GACCAT CAT CAC CAT CACCATGACGATGACGACAAGccagtaccccc................agggctcttcggcaaatgtaaGTCGACCAGG3’ 中間兩條引物該怎樣設(shè)計(jì)呢?謝謝 |
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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就是搭橋PCR。設(shè)計(jì)引物時(shí)A片段3‘端取20bp左右的堿基,B片段5’端取20個(gè)堿基左右,總堿基不要超過50bp(大于50公司合成會(huì)比較貴),同時(shí)合成該引物反向互補(bǔ)片段。 用這條引物跟B片段的反向引物擴(kuò)增B片段。再用這條引物反向互補(bǔ)序列為反向引物與A片段的正向引物擴(kuò)增A片段。 把上一步擴(kuò)增的A,B產(chǎn)物等摩爾混合再用A片段的正向引物與B片段的反向引物擴(kuò)增,跑膠,回收你需要的大小的片段。 |

| overlapPCR |

銅蟲 (小有名氣)
鐵桿木蟲 (著名寫手)
至尊木蟲 (正式寫手)

木蟲 (正式寫手)

金蟲 (正式寫手)
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1.設(shè)計(jì)2對(duì)引物,A5‘ &3’ ;B5‘&3’;A3‘和B5’ 引物有大于15bp的overlap。 2. 分別擴(kuò)增A和B; 3.A和BPCR 產(chǎn)物等摩爾比混合,共同做模板,用A5‘和B3’擴(kuò)增。 4.如果擴(kuò)增效果不好,可以將A5‘和B3’ 向中間移動(dòng)20左右bp重新設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增。 可以查看Overlap extension PCR |

新蟲 (初入文壇)
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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