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xiayongxiu金蟲 (正式寫手)
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[求助]
相對定量熒光PCR結(jié)果分析中的SD如何計(jì)算?
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| 本人最近做了熒光定量PCR,是相對定量。由于內(nèi)參和目的基因的擴(kuò)增效率不一致,所以沒有用2-delta delta CT法,是用PFLAFF的 Ritio=E delta CT(cali-test)target/E delta CT(cali-test)ref。但是不知道SD是怎么算的。我的每個(gè)基因每次跑3個(gè)重復(fù),然后做了2個(gè)生物學(xué)重復(fù)(提取2次RNA反轉(zhuǎn)錄做的)。請高手賜教。 |

金蟲 (正式寫手)

金蟲 (正式寫手)

金蟲 (正式寫手)
琴美喜歡發(fā)呆 不喜歡發(fā)脾氣
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嗯..................... 我覺的是和deltaCT法相似的吧 分別計(jì)算表達(dá)量后再SD 個(gè)人看法 若有說錯(cuò)請高手指點(diǎn) |

金蟲 (正式寫手)

| 請見 Willems, E., L. Leyns, and J. Vandesompele. 2008. Standardization of real-time PCR gene expression data from independent biological replicates. Analytical biochemistry 379(1):127-129. |
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首先,一個(gè)實(shí)驗(yàn)組和一個(gè)對照組做一個(gè)基因的相對定量,然后有3個(gè)重復(fù)。 一個(gè)實(shí)驗(yàn)組和一個(gè)對照組會(huì)產(chǎn)生4個(gè)CT,其中2個(gè)內(nèi)參和2個(gè)目的基因的。三個(gè)重復(fù)后就有12個(gè)CT值。 在計(jì)算實(shí)驗(yàn)組的倍數(shù)變化時(shí),其中用的是對照組的ct的平均值,也就是三個(gè)重復(fù)的delta ct 的平均值,而 實(shí)驗(yàn)組的ct值是每一組的原始數(shù)值,3組就能求出實(shí)驗(yàn)組 的 SD 在計(jì)算對照組的sd 時(shí)同理,將對照組的3個(gè)實(shí)際值分別和對照組的平均值帶入公式,得到3個(gè)倍數(shù)變化值(一般都接近于1) 然后求SD OK? |
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