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xiayongxiu金蟲 (正式寫手)
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[求助]
相對定量熒光PCR結(jié)果分析中的SD如何計(jì)算？
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| 本人最近做了熒光定量PCR，是相對定量。由于內(nèi)參和目的基因的擴(kuò)增效率不一致，所以沒有用2-delta delta CT法，是用PFLAFF的 Ritio=E delta CT(cali-test)target/E delta CT(cali-test)ref。但是不知道SD是怎么算的。我的每個(gè)基因每次跑3個(gè)重復(fù)，然后做了2個(gè)生物學(xué)重復(fù)（提取2次RNA反轉(zhuǎn)錄做的）。請高手賜教。 |
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xiayongxiu
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2樓2012-06-01 20:19:07
atlanticwi
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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嗯..................... 我覺的是和deltaCT法相似的吧 分別計(jì)算表達(dá)量后再SD 個(gè)人看法 若有說錯(cuò)請高手指點(diǎn)  |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
xiayongxiu3樓2012-06-02 00:06:37
xiayongxiu
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4樓2012-06-02 15:00:45
5樓2012-06-03 17:30:59
xiayongxiu
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6樓2012-06-03 19:18:08
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
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xiayongxiu: 金幣+2, ★★★很有幫助 2012-06-06 08:18:52
| 請見 Willems, E., L. Leyns, and J. Vandesompele. 2008. Standardization of real-time PCR gene expression data from independent biological replicates. Analytical biochemistry 379(1):127-129. |
7樓2012-06-03 19:38:47
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
西瓜: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-06-04 18:54:43
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xiayongxiu: 金幣+2, ★★★很有幫助 2012-06-06 08:19:01
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首先，一個(gè)實(shí)驗(yàn)組和一個(gè)對照組做一個(gè)基因的相對定量，然后有3個(gè)重復(fù)。 一個(gè)實(shí)驗(yàn)組和一個(gè)對照組會(huì)產(chǎn)生4個(gè)CT，其中2個(gè)內(nèi)參和2個(gè)目的基因的。三個(gè)重復(fù)后就有12個(gè)CT值。 在計(jì)算實(shí)驗(yàn)組的倍數(shù)變化時(shí)，其中用的是對照組的ct的平均值，也就是三個(gè)重復(fù)的delta ct 的平均值，而 實(shí)驗(yàn)組的ct值是每一組的原始數(shù)值，3組就能求出實(shí)驗(yàn)組 的 SD 在計(jì)算對照組的sd 時(shí)同理，將對照組的3個(gè)實(shí)際值分別和對照組的平均值帶入公式，得到3個(gè)倍數(shù)變化值（一般都接近于1） 然后求SD OK?  |
8樓2012-06-04 14:07:52
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