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cpuyao木蟲 (小有名氣)
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[求助]
激酶和小分子化合物能對(duì)接嘛
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請(qǐng)教大家兩個(gè)問題：1.我的實(shí)驗(yàn)是關(guān)于一個(gè)化合物的抗癌活性，發(fā)現(xiàn)有個(gè)蛋白激酶可能是作用的靶點(diǎn)，因此想用分子對(duì)接之類的計(jì)算機(jī)模擬方式輔佐證實(shí)一下，請(qǐng)問小分子化合物能和激酶對(duì)接嘛？貌似有人說不能。激酶是eIF2S1。 2. 對(duì)接試驗(yàn)去哪里做呢？我對(duì)這些一點(diǎn)都不懂，就是看文獻(xiàn)了解到的。這個(gè)有外包嗎？哪位好心蟲蟲幫我預(yù)測(cè)一下嘛~ 非常感謝~ |
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cpuyao
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謝謝~ 3樓2012-06-29 09:35:16
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可以對(duì)接啊…… 下載一個(gè)免費(fèi)的Autodock…… 把你激酶的PDB文件修正一下…… 畫一個(gè)你小分子的mol圖，轉(zhuǎn)為PDB…… 用剛性對(duì)接先試試…… 如果有活性位點(diǎn)則可以直接用半柔性對(duì)接…… 據(jù)我所知大概就這樣了…… 水平有限，期待高手出現(xiàn)…… |
5樓2012-06-29 13:11:12
wendaoliuxu
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6樓2012-06-29 16:22:11
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