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cpuyao木蟲 (小有名氣)
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[求助]
激酶和小分子化合物能對接嘛
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請教大家兩個問題：1.我的實驗是關(guān)于一個化合物的抗癌活性，發(fā)現(xiàn)有個蛋白激酶可能是作用的靶點，因此想用分子對接之類的計算機模擬方式輔佐證實一下，請問小分子化合物能和激酶對接嘛？貌似有人說不能。激酶是eIF2S1。 2. 對接試驗去哪里做呢？我對這些一點都不懂，就是看文獻了解到的。這個有外包嗎？哪位好心蟲蟲幫我預(yù)測一下嘛~ 非常感謝~ |
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wendaoliuxu
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵交流 2012-06-29 13:41:29
cpuyao: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝，不過你說的我都聽不懂哎~能否幫著對接一下呢？？ 2012-06-29 14:08:09
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可以對接啊…… 下載一個免費的Autodock…… 把你激酶的PDB文件修正一下…… 畫一個你小分子的mol圖，轉(zhuǎn)為PDB…… 用剛性對接先試試…… 如果有活性位點則可以直接用半柔性對接…… 據(jù)我所知大概就這樣了…… 水平有限，期待高手出現(xiàn)…… |
5樓2012-06-29 13:11:12
2樓2012-06-29 09:29:29
cpuyao
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謝謝~ 3樓2012-06-29 09:35:16
wendaoliuxu
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6樓2012-06-29 16:22:11
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