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cpuyao木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
激酶和小分子化合物能對(duì)接嘛
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請(qǐng)教大家兩個(gè)問(wèn)題：1.我的實(shí)驗(yàn)是關(guān)于一個(gè)化合物的抗癌活性，發(fā)現(xiàn)有個(gè)蛋白激酶可能是作用的靶點(diǎn)，因此想用分子對(duì)接之類的計(jì)算機(jī)模擬方式輔佐證實(shí)一下，請(qǐng)問(wèn)小分子化合物能和激酶對(duì)接嘛？貌似有人說(shuō)不能。激酶是eIF2S1。 2. 對(duì)接試驗(yàn)去哪里做呢？我對(duì)這些一點(diǎn)都不懂，就是看文獻(xiàn)了解到的。這個(gè)有外包嗎？哪位好心蟲(chóng)蟲(chóng)幫我預(yù)測(cè)一下嘛~ 非常感謝~ |
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cpuyao: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝，不過(guò)你說(shuō)的我都聽(tīng)不懂哎~能否幫著對(duì)接一下呢？？ 2012-06-29 14:08:09
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可以對(duì)接啊…… 下載一個(gè)免費(fèi)的Autodock…… 把你激酶的PDB文件修正一下…… 畫(huà)一個(gè)你小分子的mol圖，轉(zhuǎn)為PDB…… 用剛性對(duì)接先試試…… 如果有活性位點(diǎn)則可以直接用半柔性對(duì)接…… 據(jù)我所知大概就這樣了…… 水平有限，期待高手出現(xiàn)…… |
5樓2012-06-29 13:11:12
wendaoliuxu
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6樓2012-06-29 16:22:11
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蛋白的具體名字是EIF2S1 eukaryotic translation initiation factor 2, subunit 1 alpha, 35kDa PDB號(hào)見(jiàn)網(wǎng)頁(yè)http://en.wikipedia.org/wiki/Fil ... EIF2S1_PDB_1kl9.png 藥物分子是6-shogaol，結(jié)構(gòu)式見(jiàn)http://en.wikipedia.org/wiki/Shogaol沒(méi)保護(hù)，非常感謝蟲(chóng)友的大力相助！ |
7樓2012-06-29 18:07:46
lin_lin_lin
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【答案】應(yīng)助回帖
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zh1987hs: 金幣+3, thank you 2012-07-02 12:45:29
cpuyao: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝你，真是隔行如隔山啊，聽(tīng)不太懂你說(shuō)的。。。能幫我分析一下嗎？ 2012-07-02 15:31:45
zh1987hs: 金幣+3, thank you 2012-07-02 12:45:29
cpuyao: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝你，真是隔行如隔山啊，聽(tīng)不太懂你說(shuō)的。。。能幫我分析一下嗎？ 2012-07-02 15:31:45
| 首先要搞清楚研究的背景，既沒(méi)有active 和inactive 兩種構(gòu)象，有個(gè)loop區(qū)，可以類似張開(kāi)、閉合的兩種狀態(tài)從而決定是active 和inactive 的構(gòu)象。一般的小分子作用結(jié)合于這個(gè)loop，只要找到和小分子的結(jié)合位點(diǎn)一般是loop 區(qū)，將小分子對(duì)接進(jìn)去即可，然后再分析結(jié)合模式和結(jié)合后的構(gòu)象。 |
8樓2012-07-02 10:47:42
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