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cpuyao木蟲 (小有名氣)
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[求助]
激酶和小分子化合物能對接嘛
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請教大家兩個問題：1.我的實(shí)驗(yàn)是關(guān)于一個化合物的抗癌活性，發(fā)現(xiàn)有個蛋白激酶可能是作用的靶點(diǎn)，因此想用分子對接之類的計(jì)算機(jī)模擬方式輔佐證實(shí)一下，請問小分子化合物能和激酶對接嘛？貌似有人說不能。激酶是eIF2S1。 2. 對接試驗(yàn)去哪里做呢？我對這些一點(diǎn)都不懂，就是看文獻(xiàn)了解到的。這個有外包嗎？哪位好心蟲蟲幫我預(yù)測一下嘛~ 非常感謝~ |
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2樓2012-06-29 09:29:29
cpuyao
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4樓2012-06-29 11:22:50
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cpuyao: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝，不過你說的我都聽不懂哎~能否幫著對接一下呢？？ 2012-06-29 14:08:09
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可以對接啊…… 下載一個免費(fèi)的Autodock…… 把你激酶的PDB文件修正一下…… 畫一個你小分子的mol圖，轉(zhuǎn)為PDB…… 用剛性對接先試試…… 如果有活性位點(diǎn)則可以直接用半柔性對接…… 據(jù)我所知大概就這樣了…… 水平有限，期待高手出現(xiàn)…… |
5樓2012-06-29 13:11:12
wendaoliuxu
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6樓2012-06-29 16:22:11
cpuyao
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蛋白的具體名字是EIF2S1 eukaryotic translation initiation factor 2, subunit 1 alpha, 35kDa PDB號見網(wǎng)頁http://en.wikipedia.org/wiki/Fil ... EIF2S1_PDB_1kl9.png 藥物分子是6-shogaol，結(jié)構(gòu)式見http://en.wikipedia.org/wiki/Shogaol沒保護(hù)，非常感謝蟲友的大力相助！ |
7樓2012-06-29 18:07:46
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zh1987hs: 金幣+3, thank you 2012-07-02 12:45:29
cpuyao: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝你，真是隔行如隔山啊，聽不太懂你說的。。。能幫我分析一下嗎？ 2012-07-02 15:31:45
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cpuyao: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝你，真是隔行如隔山啊，聽不太懂你說的。。。能幫我分析一下嗎？ 2012-07-02 15:31:45
| 首先要搞清楚研究的背景，既沒有active 和inactive 兩種構(gòu)象，有個loop區(qū)，可以類似張開、閉合的兩種狀態(tài)從而決定是active 和inactive 的構(gòu)象。一般的小分子作用結(jié)合于這個loop，只要找到和小分子的結(jié)合位點(diǎn)一般是loop 區(qū)，將小分子對接進(jìn)去即可，然后再分析結(jié)合模式和結(jié)合后的構(gòu)象。 |
8樓2012-07-02 10:47:42
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