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cpuyao木蟲 (小有名氣)
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[求助]
激酶和小分子化合物能對(duì)接嘛
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請(qǐng)教大家兩個(gè)問(wèn)題:1.我的實(shí)驗(yàn)是關(guān)于一個(gè)化合物的抗癌活性,發(fā)現(xiàn)有個(gè)蛋白激酶可能是作用的靶點(diǎn),因此想用分子對(duì)接之類的計(jì)算機(jī)模擬方式輔佐證實(shí)一下,請(qǐng)問(wèn)小分子化合物能和激酶對(duì)接嘛?貌似有人說(shuō)不能。激酶是eIF2S1。 2. 對(duì)接試驗(yàn)去哪里做呢?我對(duì)這些一點(diǎn)都不懂,就是看文獻(xiàn)了解到的。這個(gè)有外包嗎?哪位好心蟲蟲幫我預(yù)測(cè)一下嘛~ 非常感謝~ |
新蟲 (初入文壇)
| 首先要搞清楚研究的背景,既沒(méi)有active 和inactive 兩種構(gòu)象,有個(gè)loop區(qū),可以類似張開(kāi)、閉合的兩種狀態(tài)從而決定是active 和inactive 的構(gòu)象。一般的小分子作用結(jié)合于這個(gè)loop,只要找到和小分子的結(jié)合位點(diǎn)一般是loop 區(qū),將小分子對(duì)接進(jìn)去即可,然后再分析結(jié)合模式和結(jié)合后的構(gòu)象。 |
新蟲 (小有名氣)
木蟲 (小有名氣)
捐助貴賓 (小有名氣)
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可以對(duì)接啊…… 下載一個(gè)免費(fèi)的Autodock…… 把你激酶的PDB文件修正一下…… 畫一個(gè)你小分子的mol圖,轉(zhuǎn)為PDB…… 用剛性對(duì)接先試試…… 如果有活性位點(diǎn)則可以直接用半柔性對(duì)接…… 據(jù)我所知大概就這樣了…… 水平有限,期待高手出現(xiàn)…… |

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