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簡并引物克隆中的一些問題
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我設(shè)計(jì)了一對兼并引物，想從未知基因組中克隆出一個(gè)酰胺酶基因片段。BLAST以后發(fā)現(xiàn)和大豆慢生根瘤菌的酰胺酶的序列有99%的相似性，而且我們實(shí)驗(yàn)室也在做這種大豆慢生根瘤菌的酰胺酶。起初懷疑是染菌了，又重新克隆了一次（很小心，避免染菌）可測序結(jié)果還是一樣的。 所以我懷疑是我這種菌的基因組被污染了，請問基因組會這么容易被污染嗎？而且自從我們實(shí)驗(yàn)室有了大豆慢生根瘤菌后，我這種菌的基因組再也沒有用過，這是第一次用。請高人指點(diǎn)。 |
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6樓2012-07-25 10:06:13
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7樓2012-07-25 11:01:15
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前輩：您好。之前在論壇上看到您給一些蟲友在設(shè)計(jì)兼并引物方面提出了很多建議，請問您能否幫我設(shè)計(jì)一下（自己之前試著設(shè)計(jì)了一下，效果都不好），所以想請教高手。 我需要克隆一個(gè)酰胺酶，目前知道能催化我的底物的菌種的酰胺酶有兩種（下述A,B），但導(dǎo)師讓我做的菌種中有該酶的活性，但是這種菌的全基因組不知道，與A，B的同源性相差甚遠(yuǎn)。以下C,D,E,F,G••••••是我根據(jù)A為模版blast后的酰胺酶序列，從中挑選的與我手中的菌都屬于同一綱的菌，同源性從高到低排列的，但和A的相似性很低。 下面我把這些菌的酰胺酶基因上傳上去，能否花費(fèi)您寫時(shí)間幫我看看，因?yàn)橹霸O(shè)計(jì)了幾次，效果不是很好。 >A: 1 mgiklptled lreiskqfnl dledeelksf lqllklqles yerldslpdy tprvkyqrtl 61 grppmkeenp ygalvwitsi kgkeegklkg kricikdnvm iagipmlngs kmlegfvphm 121 datvvsrild eageivaktt cedlcfsggs htsypwpvln prnpeymagg sssgsavava 181 sgycdmavgg dqggsirips swvgiyglkp thglvpytga fsieptldhl gpmantvkdv 241 allleviagr deldsrqpds lppppvkpys klidgdvkdm kvgivkegfn wsnsekdvde 301 lvldsakkle dygikvedts iplhrmgldi wtpiaiegat atmilgsgvg wgrkglfetq 361 iadffgnslk srardlpntv kgvlmlgylm ikmynnryya karnlsivlk eaydsalrky 421 dalimpttpm kamryksepg fdeyfimalg minntapfdv tghpamnipv gysnglpvgl 481 miigrhfeed kvlklanvfe rikk >B: 1 mtvvlptpaq lldvakqcgl sltdadvasf rglmqgsida 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