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[求助]
引物設(shè)計(jì)區(qū)域選擇問(wèn)題
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我設(shè)計(jì)兼并引物。多序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)三個(gè)保守區(qū)。一個(gè)在中上游，一個(gè)在中游，一個(gè)在下游末。我準(zhǔn)備選中上游和下游末分別設(shè)計(jì)上下游引物。但老師說(shuō)選中游設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物就可以了。有經(jīng)驗(yàn)的朋友能告訴我我該選哪個(gè)保守區(qū)設(shè)計(jì)引物嗎？設(shè)計(jì)多少對(duì)比較好？用來(lái)擴(kuò)增未知基因保守區(qū)。 [ Last edited by 1949stone on 2012-8-20 at 07:49 ] |
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設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物至少需要上下游各有一個(gè)保守區(qū)域，且兩個(gè)保守區(qū)域相距50～ 400個(gè)aa為宜，使得pcr產(chǎn)物在150~1200bp之間，最重要的是每一個(gè)保守區(qū)域至少有6個(gè)aa殘基，因?yàn)槊織l引物至少18bp左右。若比對(duì)結(jié)果保守性不是很強(qiáng)很可能找不到6個(gè)aa的保守區(qū)域，這時(shí)可以根據(jù)物種的親緣關(guān)系，選擇親緣相近的物種進(jìn)行二次比對(duì)，若保守性仍達(dá)不到要求，則需進(jìn)行三次比對(duì)�？傊�，究竟要選多少序列來(lái)比對(duì)，要根據(jù)前一次比對(duì)的結(jié)果反復(fù)調(diào)整。最終目的就是有兩個(gè)6個(gè)aa且兩者間距離合適的保守區(qū)域。 |
4樓2012-08-20 17:32:12
心強(qiáng)我強(qiáng)
銅蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 297.9
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- 專業(yè): 微生物生理與生物化學(xué)
2樓2012-08-19 14:44:22
3樓2012-08-20 00:36:18
5樓2012-08-20 17:33:36
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