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[求助] DNA提取后瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)圖分析及原因和解決辦法

提取的是桃基因組DNA，用的是CTAB法，1%瓊脂糖凝膠檢測(cè)，用的是GeneFinder核酸染料，由于拍照片的角度問(wèn)題，圖中最上邊那一條帶其實(shí)是在點(diǎn)樣孔中的。存在問(wèn)題：a.為什么點(diǎn)樣孔會(huì)那么亮？是蛋白質(zhì)嗎？b.泳道亮是為什么？c.最下邊的模糊的帶是RNA嗎？以上問(wèn)題如何解決呢？

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1樓 2012-08-13 12:42:32

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tiani_tan

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小屁乖乖: 金幣+3, ★★★很有幫助 2012-08-16 08:29:26

個(gè)人看法：
a:孔道中非常的亮應(yīng)該是蛋白質(zhì)的污染，建議在酚氯仿抽提的時(shí)候注意吸取上清的量；
b:應(yīng)該是抽提過(guò)程中被打斷的核酸分子吧，前5個(gè)就沒(méi)有這種現(xiàn)象。
c: 最下面的應(yīng)該是RNA，應(yīng)該是在提取過(guò)程中沒(méi)有加RNase吧。

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2樓2012-08-13 13:12:51

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tiani_tan

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【答案】應(yīng)助回帖

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小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-08-14 13:47:42

應(yīng)該還是吸取上清的時(shí)候洗到了蛋白質(zhì)的那一層，可以用酚氯仿再抽提一次，如果不影響實(shí)驗(yàn)的話，先往下進(jìn)行試驗(yàn)吧，時(shí)間傷不起。
如果需要高質(zhì)量的基因組，可以試試用試劑盒提取。

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小屁乖乖

6樓2012-08-14 08:39:06

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cpn

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lz你好像不是所有的上樣孔中都有最上面的那個(gè)條帶啊，你這所有的泳道上的都是同一個(gè)東西嘛？
還有g(shù)enefinder這個(gè)染料實(shí)驗(yàn)室別人用的效果怎樣？偶是不再相信它了。
lz要不要換EB試試？

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3樓2012-08-13 15:04:22

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引用回帖:

3樓: Originally posted by cpn at 2012-08-13 15:04:22
lz你好像不是所有的上樣孔中都有最上面的那個(gè)條帶啊，你這所有的泳道上的都是同一個(gè)東西嘛？
還有g(shù)enefinder這個(gè)染料實(shí)驗(yàn)室別人用的效果怎樣？偶是不再相信它了。
lz要不要換EB試試？

是不同的桃品種，不知道別人用的genefinder染料如何，我一直在用，考慮到EB毒性很大所以沒(méi)用過(guò)

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4樓2012-08-13 15:23:50

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lilirong2009

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小屁乖乖: 金幣+2, ★有幫助 2012-08-16 08:30:36

點(diǎn)樣孔里面亮是蛋白污染，在用酚仿抽提的時(shí)候要抽提到兩相液面看不到不溶物為止，上清少吸一些，動(dòng)作不要太劇烈，你第八孔的DNA已經(jīng)有些降解了呢。DNA提取完加Rnase 37℃水浴半小時(shí)，那樣你前5孔原處的RNA就看不到了。

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8樓2012-08-14 16:40:36

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用正確的提取方法，正確的操作步驟，你就會(huì)得到正確的結(jié)果。提取基因組是最基本的實(shí)驗(yàn)技能。最好還是要你自己去分析你的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

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10樓2012-08-14 17:01:18

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2樓: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-13 13:12:51
個(gè)人看法：
a:孔道中非常的亮應(yīng)該是蛋白質(zhì)的污染，建議在酚氯仿抽提的時(shí)候注意吸取上清的量；
b:應(yīng)該是抽提過(guò)程中被打斷的核酸分子吧，前5個(gè)就沒(méi)有這種現(xiàn)象。
c: 最下面的應(yīng)該是RNA，應(yīng)該是在提取過(guò)程中沒(méi)有加RN ...

前5個(gè)和后5個(gè)區(qū)別是：前5個(gè)用的裂解液不是CTAB,是試劑盒里的裂解液，后5個(gè)用的就是CTAB，但用酚氯仿異戊醇抽提了1次，氯仿異戊醇也抽提了1次。會(huì)是什么原因？

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5樓2012-08-13 15:30:30

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小屁乖乖: 金幣+1, ★有幫助 2012-08-16 08:32:47

引用回帖:

4樓: Originally posted by 小屁乖乖 at 2012-08-13 15:23:50
是不同的桃品種，不知道別人用的genefinder染料如何，我一直在用，考慮到EB毒性很大所以沒(méi)用過(guò)...

嗯現(xiàn)在實(shí)驗(yàn)室很多都不用EB了毒性太大你可以嘗試下用Gel red效果還可以也是無(wú)毒的

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每一個(gè)結(jié)果都有與之關(guān)聯(lián)的起因我稱之為結(jié)果論

7樓2012-08-14 10:58:38

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EB 致癌的熒光染料~！建議你換換 Goldview 或 GelRed 試試，好歹它們不能穿過(guò)細(xì)胞膜。

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9樓2012-08-14 16:58:29

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