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H-xiangzhu金蟲 (正式寫手)
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[求助]
急！PCR產(chǎn)物測序找不到引物 已有1人參與
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| 我想做放線菌的16rDNA鑒定，先提取總DNA，PCR產(chǎn)物直接測序，引物采用細(xì)菌通用引物，大小在1500bp這樣，但是測序結(jié)果發(fā)現(xiàn)找不到因為序列，請問我該怎么辦呢？是什么問題呢？請高手幫忙。非常感謝！ |
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lihongbo840427
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
小丹木木: 金幣+4, 歡迎應(yīng)助 2013-01-05 17:31:20
小丹木木: 金幣+4, 歡迎應(yīng)助 2013-01-05 17:31:20
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你的PCR產(chǎn)物是1500bp的，測序圖片的前100bp的峰都不可信，最后面的電泳峰（800bp以后）峰的信噪比比較低，大峰下面套小峰，都不能認(rèn)為測到的序列。 如果你想在測序結(jié)果中找到引物序列（用上游引物測序的話，測序的結(jié)果最后的一段序列中只能找到與下游引物的反向互補序列一致的堿基；反之用下游引物測序，只能找到上游引物的反向互補序列），這是在你測得的序列可信的情況下才能得到的結(jié)果。你的PCR產(chǎn)物送去測序，測得的序列絕對不可能得到1500bp的結(jié)果的。 所以講了這么一大堆，如果你想要從測序結(jié)果中得到引物序列，一個辦法是分段測序，分三段，每500bp測一個，這樣得到的序列3個拼接起來就能得到很好的結(jié)果了，也能找到你的引物序列了。 |
6樓2013-01-04 15:33:00
cicelyzh
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3樓2012-12-31 11:34:09
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4樓2013-01-02 22:03:18
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