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H-xiangzhu金蟲 (正式寫手)
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[求助]
急！PCR產(chǎn)物測序找不到引物 已有1人參與
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| 我想做放線菌的16rDNA鑒定，先提取總DNA，PCR產(chǎn)物直接測序，引物采用細(xì)菌通用引物，大小在1500bp這樣，但是測序結(jié)果發(fā)現(xiàn)找不到因為序列，請問我該怎么辦呢？是什么問題呢？請高手幫忙。非常感謝！ |
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lihongbo840427
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
小丹木木: 金幣+4, 鼓勵 應(yīng)助 2013-01-05 17:31:36
小丹木木: 金幣+4, 鼓勵 應(yīng)助 2013-01-05 17:31:36
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雙向測通是可以的，所得到的序列可信度是可以的，但也有可能沒有你想要看到的引物序列（并不代表你的測序結(jié)果失敗�。�。你最好詳細(xì)咨詢下測序公司的技術(shù)支持，把你的需求跟他們講下。其實測通就是雙向測序結(jié)果的數(shù)據(jù)，他們幫忙拼接好。你也可以自己拼接用Chromas來看峰形，用ContigExpress來做拼接。不可靠序列通過看峰形手工切掉。 你只要記住現(xiàn)在DNA測序一個反應(yīng)也就能測500bp左右。通用引物1492r/F27，pcr后去測序，因為測序軟件的自身原因，測出來開頭的序列是雜帶不準(zhǔn)確，如果需要16sRNA的全長，必須做TA克隆，就需要載體。如果你要求鑒定菌種只到屬，就沒必要克隆了。 你可以選擇27F做上游引物，534r做下游引物，PCR一次得到500bp左右的產(chǎn)物，雙向測序就能得到前500bp的準(zhǔn)確序列了，以此再找一個16srRNA位置在1000左右的引物序列，3個500bp的PCR產(chǎn)物雙向測序就能完美的得到你的整條16srRNA序列了。 |
8樓2013-01-05 15:23:48
cicelyzh
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4樓2013-01-02 22:03:18
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