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yida木蟲 (小有名氣)
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[求助]
NPT系綜動力學(xué) 已有1人參與
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請教下有關(guān)NPT系綜的問題，我建的體系是納米金球和多糖的相互作用體系，納米金球在盒子的中心，盒子內(nèi)物質(zhì)均未固定，盒子初始大�。�80A,80A,80A），在采用NPT系綜退火后盒子大小變?yōu)椋?7A,77A,77A）,接下來進(jìn)行了3ns的NPT動力學(xué)，壓力1atm，溫度298K，結(jié)果見下圖，盒子變得很小，為（45A,45A,45A）,并且多 糖跑到盒子外邊去了，是模型建的有問題嗎？NPT系綜平衡的標(biāo)志是什么��？是不是體系大小不再變化啊？盒子為什么會變小��？ 多糖聚合物分子量很大，像這樣用幾個重復(fù)單元代替是不是有意義的？ 在動力學(xué)的過程中觀察到金球形狀發(fā)生了變化，是否需要將金球固定？ 根據(jù)水的密度和盒子內(nèi)空余體積計(jì)算應(yīng)加入16968個水分子，采用sorption加入16968個水分子后采用Discover進(jìn)行動力學(xué)模擬是否可行？ initial.jpg anneal result.jpg 3ns NPT result.jpg |
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voleyes
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yida
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4樓2013-04-09 05:19:55
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