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急！急！急！對轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證，如何選定基因
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急！急！急！轉(zhuǎn)錄組測序后，得到大量差異表達(dá)的基因，現(xiàn)在要對差異表達(dá)的基因做實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證，有點(diǎn)迷茫了，那么多差異表達(dá)的基因應(yīng)該怎么選呢？ 可以按以下原則選嗎？ 1 差異表達(dá)的倍數(shù)，倍數(shù)越高越好 2 p值和FDR值越小越好，有很多是0的，那是不是選2者值均為0的呢 3 選擇的基因是否要在兩個(gè)樣本中都表達(dá)呢？有的差異倍數(shù)很高，但是只在一個(gè)樣本中表達(dá)，在另一個(gè)中表達(dá)量為0，這樣的可以選擇做驗(yàn)證嗎？ 有沒有哪位大俠做過此類實(shí)驗(yàn)，請不吝賜教！ |
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kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2013-06-04 12:37:59
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首先希望你不只是為了驗(yàn)證而驗(yàn)證，最好還有其他意義，這樣就要看你選什么樣的基因了。 其次你說的那些條件都算在挑選基因的原則，但只是最開始篩選基因的原則，等把基因找到了之后，也許這個(gè)基因都設(shè)計(jì)不出來合適的引物，所以可以找到基因后看看能不能按照實(shí)時(shí)定量引物設(shè)計(jì)原則設(shè)計(jì)出好的引物。 最后你說的在一個(gè)樣本中表達(dá)，在另一個(gè)樣本中表達(dá)，這不正是你想要的差異么，實(shí)時(shí)定量就是為了看他表達(dá)的動(dòng)態(tài)過程。轉(zhuǎn)錄組測序得到的基因表達(dá)量只能作為參考，不能下定論，所以剛才你說的在另一個(gè)樣本中不表達(dá)也是不一定的事，都要經(jīng)過驗(yàn)證的。 祝樓主成功發(fā)表好文章！  |
3樓2013-04-25 15:25:58
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kx444555: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2013-06-04 12:37:43
| 一般是采用以上標(biāo)準(zhǔn)，另外可以結(jié)合信號(hào)通路和基因功能。但是有時(shí)候不是差異倍數(shù)越高的越好。祝你好運(yùn)啊 |
2樓2013-04-10 21:46:50
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kx444555: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2013-06-04 12:38:16
| 你不可能把所有差異基因都驗(yàn)證的，只需要驗(yàn)證幾條基因，把你從這些基因差異中得到的結(jié)論說清楚，你就已經(jīng)是大師了。建議你先把GO和KEGG的聚類分析好好研究一下，看看里面跟你感興趣的研究方向有關(guān)的基因是不是有差異，特別是KEGG，是個(gè)強(qiáng)大的數(shù)據(jù)庫，從它的圖上能得到很多信息。這個(gè)轉(zhuǎn)錄組的研究必須結(jié)合自己的研究方向，不可能全部的信息的都用上的，要能找到一個(gè)深入的研究。 |
4樓2013-05-13 20:28:39
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5樓2013-06-04 10:49:06
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