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harrymao新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
PDB文件拆分
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| 請(qǐng)問(wèn)一個(gè)復(fù)合蛋白質(zhì)（蛋白質(zhì)結(jié)合）PDB文件，怎么拆分成單個(gè)蛋白質(zhì)的PDB文件？直接刪除不需要蛋白質(zhì)的序列跟坐標(biāo)嗎？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
harrymao: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 我用perl程序拆分 原來(lái)很簡(jiǎn)單 2013-05-15 17:28:23
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harrymao: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 我用perl程序拆分 原來(lái)很簡(jiǎn)單 2013-05-15 17:28:23
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1、直接刪除不需要蛋白質(zhì)的序列跟坐標(biāo)，可行！ 2、用VMD 命令，你需要知道你要選擇的蛋白質(zhì)，比如說(shuō) resid 10-25 則： set sel [atomselect top "resid >=10 and resid <=25"] $sel writepdb protein_ok.pdb 這樣就把你選擇的蛋白質(zhì)保存在了 protein_ok.pdb 里。 在vmd中這句 set sel [atomselect top "resid >=10 and resid <=25"] 可以根據(jù)你自己的需求，有好多種選擇的辦法 |
2樓2013-05-15 14:51:57
xulinan
木蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2013-05-15 14:54:20
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