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skyboyman金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后，如何進(jìn)行序列分析？！
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| 我是剛剛接觸轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新手，向大家請(qǐng)教。我們對(duì)野生型菌和基因敲除菌進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序，就是RNA-sequencing，有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組。請(qǐng)問(wèn)大家拿到測(cè)序結(jié)果后，如何分析��？需要什么軟件？需要一些資料看看，非常謝謝！ |
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凌波麗
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2013-10-19 21:02:18
skyboyman: 金幣+4 2013-10-21 17:51:09
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| 可以用mRNA序列預(yù)測(cè)基因，可以用Spidey網(wǎng)上軟件。獲得了mRNA全序列后可以進(jìn)入：Spidey網(wǎng)頁(yè)：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Ostell/Spidey/ . |
2樓2013-10-19 13:05:38
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
skyboyman: 金幣+6, ★有幫助 2013-10-21 17:51:05
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
skyboyman: 金幣+6, ★有幫助 2013-10-21 17:51:05
| 是委托公司做的么？如果是公司做的應(yīng)該會(huì)幫你分析，組后的結(jié)果應(yīng)該某些mRNA表達(dá)有差異，用RT-PCR驗(yàn)證一下實(shí)驗(yàn)結(jié)果，選擇正確的、感興趣的進(jìn)行下一步的功能驗(yàn)證。那些mRNA應(yīng)該是注釋過(guò)的，不是有編號(hào)就是有名稱(chēng)，你可以在NCBI或是EBI上查詢(xún)到相關(guān)信息。你可以在網(wǎng)上查查RNA-seq的相關(guān)文獻(xiàn)，非常的多，很容易幫你找到思路。 |
3樓2013-10-20 01:48:43
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