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skyboyman金蟲 (小有名氣)
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[求助]
轉(zhuǎn)錄組測序后，如何進(jìn)行序列分析？！
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| 我是剛剛接觸轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新手，向大家請教。我們對野生型菌和基因敲除菌進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序，就是RNA-sequencing，有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組。請問大家拿到測序結(jié)果后，如何分析啊？需要什么軟件？需要一些資料看看，非常謝謝！ |
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 生物信息學(xué) |
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凌波麗
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| 可以用mRNA序列預(yù)測基因，可以用Spidey網(wǎng)上軟件。獲得了mRNA全序列后可以進(jìn)入：Spidey網(wǎng)頁：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Ostell/Spidey/ . |
2樓2013-10-19 13:05:38
【答案】應(yīng)助回帖
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| 是委托公司做的么？如果是公司做的應(yīng)該會幫你分析，組后的結(jié)果應(yīng)該某些mRNA表達(dá)有差異，用RT-PCR驗證一下實驗結(jié)果，選擇正確的、感興趣的進(jìn)行下一步的功能驗證。那些mRNA應(yīng)該是注釋過的，不是有編號就是有名稱，你可以在NCBI或是EBI上查詢到相關(guān)信息。你可以在網(wǎng)上查查RNA-seq的相關(guān)文獻(xiàn)，非常的多，很容易幫你找到思路。 |
3樓2013-10-20 01:48:43
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