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onizukacus金蟲 (初入文壇)
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[求助]
測序結(jié)果的問題
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我做了一批PCR的樣品進行測序，用的引物是ITS1Pl （TCCGTAGGTGAACCTGCGGA）ITS1P2（GCTGCGTTCTTCATCGATGC），ITS2P1（GCATCGATGAAGAACGCAGC），ITS2P2（TCCTCCGCTTATTGATATGC），等測序結(jié)果出來后，測序方返回給我的是拼接結(jié)果，可我怎么都不能在結(jié)果中找到我的引物序列，然后我電話咨詢后說的是拼接結(jié)果無引物序列，求助各位高手啊，那我怎么在一段拼接序列中分辨出哪一段是ITS1Pl和ITS1P2，哪一段是ITS2P1和ITS2P2還有5末端的基因序列啊 求助啊啊啊 這是我的一個拼接結(jié)果 TGGTAAGTAAAAATCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAGACCGAAAATATCGAGCGAT TCGGAGAACCCGTGAATAAGTGGCGGCGGTTGCTGCCGCAGAACAGCCATCCCAGTCGCCGCCTCGTCTCCTTCAGGGGG GGCGGGGGCACGATGAAGGATGGATGAAAACTCAAACCGGCGCAGCTCCGCGCCAAGGGTATGTAGAGACGCGAGCCCTG CAACGGGTTCAGTGGCGTGGAGTGCTGTCGCACACCATGTGGATTATAACACGACTCTCGGCAATGGATATCTCGGCTCT CGCATCGATGAAGAGCGCAGCGAAATGCGATACGTGGTGCGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTTGAACGCA AGTTGCGCCCGAGGCCAACCGGCCAAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCAAGCGTTGCGTCGCTCCGTGCCGACTCCGTCCC ACAAACGCGTGCGCCGGCGTCGGCTCGGACGTGAAGAGTGGCTCGTCGTGCCCATCGGTGCGGCGGGCTCAAGAGCGGGT TATCGTCTCGTCGGCCGGCAACAACAAGGGGTGGATGAAAGCTGTGAGCAGAAAGCCTGCGTTGTTTCTTGCTCGGCCCG AGGAAAGATTACATATTTCAAGGTGATCCCAGCCCATGCGCCGATCCACAGGCGGCGGCTTGGAATGCGACCCCAGGATG GGCGAGGCCACCCGCCGAGTTTAAGCATATCAATA |
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yang0071
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| PCR測序拼接結(jié)果里面是沒有引物序列的，用PCR引物作為測序引物進行測序時，所測序列是從引物3’末端后第一個堿基開始的，所以自然就找不到您的引物序列了。有兩種方法可以得到您的引物序列。對于較短PC產(chǎn)物（<800bp），可以用另一端的引物進行測序，從另一端測序可以一直測到序列的末端，就可以在序列的末端得到您的引物的反向互補序列。對于較長的序列，一個測序反應(yīng)測不到頭，因此就只能將您的PCR產(chǎn)物片 段克隆到適當?shù)妮d體中，用載體上的通用引物進行測序。由于載體上的通用引物與您的插入序列之間還有一段距離，因此就可以得到您的完整的引物序列。由于在測序的起始端總會有一些堿基無法準確讀出，因此您如果想得到您PCR產(chǎn)物的完整序列，最好克隆后進行測序。 |
9樓2013-11-07 10:57:40
gyesang
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