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瓊脂糖凝膠電泳：同一批樣每次結(jié)果不一致，為什么?_? 已有2人參與
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請(qǐng)大家?guī)臀曳治鲆幌孪旅孢@三張圖： 這三張圖都是同一批PCR產(chǎn)物的，目的條帶大小為400多bp，其中 圖4.21 是pcr結(jié)束后立即跑的；圖new1 圖new2 分別是隔夜后第2，3次跑的。 我自己有以下幾個(gè)疑惑： 1.圖4.21 中為什么目的條帶是月牙形的？膠上背景不均我認(rèn)為可能和沒(méi)有沖洗徹底有關(guān)，或者是制膠問(wèn)題？ 2.圖new1 同一批樣品為什么完全沒(méi)有顯示條帶？marker是有的。 3.圖new2 再次跑了之后發(fā)現(xiàn)又有了條帶，但是參差不齊，而且大部分目的條帶不在400bp了，不知道是為什么？ 4.另外空白樣中出現(xiàn)了目的條帶，我不認(rèn)為我操作中出現(xiàn)了交叉污染�？赡苁鞘裁丛�?qū)е履兀?br /> 另外需要說(shuō)明的是，我的這些條帶是通過(guò)兩步法PCR做出的。即：第一次PCR后取產(chǎn)物加入新的體系中進(jìn)行第二次PCR，然后來(lái)跑膠。因?yàn)榈谝淮蜳CR產(chǎn)物跑膠一直跑不出來(lái)，所以我認(rèn)為是由于我的模板含量在我的樣本中的含量過(guò)低。 請(qǐng)大家?guī)臀曳治龇治�，謝謝～ new1.jpg new2.jpg 4.21.jpg |
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yuren2009
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jonew
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【答案】應(yīng)助回帖
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PCR擴(kuò)增后出現(xiàn)的條帶與預(yù)計(jì)的大小不一致（作者：凌波麗) 2013年9月24日 PCR擴(kuò)增后出現(xiàn)的條帶與預(yù)計(jì)的大小不一致，或大或小，或者同時(shí)出現(xiàn)特異性擴(kuò)增帶與非特異性擴(kuò)增帶，其原因與對(duì)策如下： I.引物與靶序列不完全互補(bǔ)、 或引物聚合形成二聚體、或者GC比鄰遠(yuǎn)離50%。對(duì)策：重新設(shè)計(jì)引物。 II.Mg2+ 離子濃度過(guò)高、退火溫度過(guò)低，及PCR循環(huán)次數(shù) 過(guò)多有關(guān)。 III.靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染：這種污染有兩種原因： 1.整個(gè)基因組或大片段的交叉污染，導(dǎo)致非特異性帶出現(xiàn)。 這種非特異性帶出現(xiàn)可用以下方法解決： （1）在加樣槍的接頭和吸桿之間加上脫脂消毒棉花，防止將靶序列吸入加樣槍內(nèi)或?yàn)R出離心管外。 （2）除了酶及不能耐高溫的物質(zhì)外，所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。 （3）所用離心管及樣進(jìn)槍頭等均應(yīng)一次性使用。必要時(shí)，在加標(biāo)本前，反應(yīng)管和試劑用紫外線照射，以破壞存在的核酸。 （4）重新提取模板DNA。 2.空氣中的小片段核酸污染，這些小片段比靶序列短，但有一定的同源性。有時(shí)候可能會(huì)互相拼接，與引物互補(bǔ)后，可擴(kuò)增出PCR產(chǎn)物，而導(dǎo)致非特異性帶出現(xiàn)的產(chǎn)生。雖然這樣的可能性比較小。 對(duì)策：實(shí)驗(yàn)前對(duì)實(shí)驗(yàn)室充分通風(fēng)，試驗(yàn)時(shí)盡量加上PCR試劑暴露于空氣中的時(shí)間，還可用巢式PCR方法來(lái)減輕或消除空氣中的小片段核酸造成的污染，最基本的解決辦法：重新提取模板DNA。 IV.考慮使用熱啟動(dòng)模式�？梢再�(gòu)買商用的PCR熱啟動(dòng)酶，也可以用石蠟隔離模式。 V.調(diào)整變性和退火溫度時(shí)間。 VI.更換所有緩沖溶液，使用全部新配的緩沖溶液。這點(diǎn)可能太基本了，很不被重視。 VII.適當(dāng)調(diào)高復(fù)性溫度。沒(méi)有重新設(shè)計(jì)引物，不要大范圍地變動(dòng)反應(yīng)體系的復(fù)性溫度，要在引物的Tm少5-10度的范圍內(nèi)變動(dòng)。如果出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增，則把在引物的Tm少5-10度的范圍內(nèi)把復(fù)性溫度提高1-3度；如果出現(xiàn)任何擴(kuò)增帶，則把在引物的Tm少5-10度的范圍內(nèi)把復(fù)性溫度降低1-3度。 VIII.Taq酶的專一性擴(kuò)增不夠。往往一些來(lái)源的DNA聚合酶易出現(xiàn)非特異條帶而另一來(lái)源的酶 則不出現(xiàn)，酶量過(guò)多有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增。其對(duì)策：改用專一性更強(qiáng)的DNA聚合酶，或者使用兩種不同的DNA聚合酶，減低酶量或調(diào)換另一來(lái)源的專一性高的酶。更換DNA聚合酶時(shí)，酶量不要太大，以免出現(xiàn)特異性擴(kuò)增。 酶制劑中的甘油可能也是干擾因素�？梢约尤敕磻�(yīng)體系之前用超濾去除酶制劑中的甘油。 IX.使用梯度降低PCR。在以基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí)，非特異性擴(kuò)增較多，這時(shí)，最初的退火溫度選用比Tm高5-10度。然后每隔1個(gè)循環(huán)，退火溫度降低1-2度，直至到達(dá)正常的Tm附近的退火溫度。 X.適當(dāng)減低的dNTP的濃度，可以分梯度進(jìn)行。 一般的調(diào)整順序（不是絕對(duì)的）：若PCR反應(yīng)后無(wú)任何產(chǎn)物，可先調(diào)整Mg2+ 濃度，Mg2+ 濃度不高于10.0mmol/L，不低于1.0mmol/L，調(diào)整時(shí)從低往高分梯度加，每次升高0.05mmol/L.最常使用Mg2+ 濃度為1.5mmol/L。同時(shí)全部重新配所有的緩沖溶液。 然后調(diào)整引物濃度，在調(diào)整引物與模板的結(jié)合溫度，調(diào)整變性和退火溫度時(shí)間。接著或者與引物調(diào)整同時(shí)，把酶換成其他類型的DNA聚合酶（高保真酶或者熱啟動(dòng)酶）。再往后，檢測(cè)和重新提取DNA模板（包括用質(zhì)譜或者電泳檢測(cè)DNA是否變短，清除酚和SDS，檢測(cè)模板濃度，必要時(shí)要對(duì)DNA模板測(cè)序）。再往后和使用梯度降低dNTP。最后這些都做了仍未奏效，那么就要重新設(shè)計(jì)引物了。一般是最先調(diào)整Mg2+ 濃度，最后重新設(shè)計(jì)引物，其他順序可變。Mg2+ 濃度與dNTP的濃度一般同方向偶聯(lián)調(diào)節(jié)。 XI.適當(dāng)減少退貨時(shí)間和提高退火溫度。 XII.在反應(yīng)體系中加入：1.5mol/L的甜菜堿或者5%的DMSO可以提高PCR擴(kuò)增效率。 過(guò)去，我也回答過(guò)PCR非特異性擴(kuò)增的問(wèn)題，但是這次回答我在2013年8月14日重新編輯核對(duì)的。 XIII.使用巢式PCR。 調(diào)整鎂離子濃度時(shí)，可以與dNTP正相關(guān)的梯度調(diào)整，兩者同方向分梯度調(diào)節(jié)，一般不要反方向調(diào)節(jié)；但是可以單獨(dú)鎂離子濃度，而dNTP濃度不動(dòng)；有時(shí)候dNTP濃度調(diào)整不大時(shí)也可以不動(dòng)鎂離子濃度，因?yàn)殒V離子濃度太高了，可能會(huì)增加非特異性擴(kuò)增，或者有時(shí)候就是可以不動(dòng)dNTP濃度而只調(diào)節(jié)鎂離子濃度也能夠增加PCR的專一性。 我參考了yujitianqing的帖子，http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6198669 過(guò)去我沒(méi)有注意到，而后我去查閱了文獻(xiàn)，有的文獻(xiàn)與yujitianqing的帖子的內(nèi)容基本上一致，也有些文獻(xiàn)與yujitianqing的帖子的內(nèi)容不一致。 具體是那種情況，我們可以在具體從各種可能性中選擇，或者在在根據(jù)具體情況添加因素，目前我只能想到這些。 |
6樓2014-04-27 10:07:56
7樓2014-04-28 09:40:13
【答案】應(yīng)助回帖
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對(duì)于月牙形狀的條帶，我感覺(jué)應(yīng)該是膠孔的問(wèn)題，拔梳子的時(shí)候很可能會(huì)產(chǎn)生膠孔不均勻。我的經(jīng)驗(yàn)是，在拔梳子前，把一部分電解液沖到膠孔上。因?yàn)槭嶙邮鞘杷牧献龅�，所以加上電解液，�?huì)比較容易拔出來(lái)梳子，膠孔形狀也比較好。對(duì)于圖new1和new2，我還真的沒(méi)有遇到過(guò)類似情況。愿LZ實(shí)驗(yàn)順利！ P.S.我也是剛剛開(kāi)始PCR和跑膠的，經(jīng)驗(yàn)多有不足，如果表達(dá)有誤，見(jiàn)諒見(jiàn)諒。 |
8樓2014-06-12 19:14:18
9樓2014-06-12 19:15:56
Rechellijuan
新蟲(chóng) (小有名氣)
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- 蟲(chóng)號(hào): 3571144
- 注冊(cè): 2014-12-01
- 專業(yè): 生物化工與食品化工
10樓2015-04-19 17:35:06
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