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liyongrui1鐵桿木蟲 (著名寫手)
木蟲
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[求助]
轉(zhuǎn)錄組測序的生物學(xué)重復(fù)問題 已有10人參與
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現(xiàn)在進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序是否必須進(jìn)行生物學(xué)重復(fù)啊，是否要3個重復(fù)。是否可以用3個樣品的RNA等量混合代替生物學(xué)重復(fù)？如果不重復(fù)能否發(fā)文章？主要是經(jīng)費有限 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liyongrui1(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2014-06-18 10:40:02
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liyongrui1(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2014-06-18 10:40:02
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最近一直在琢磨這個問題�，F(xiàn)在基本上測轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)都沒有生物學(xué)重復(fù)，見了幾個之前做芯片的客戶，想做測序，問我測序技術(shù)為什么不需要生物學(xué)重復(fù)，我一時還真沒回答上來。 實際來看，絕大多數(shù)發(fā)表的轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)都不做生物學(xué)重復(fù)，再有就是測序的成本還是挺高的，所以大家默認(rèn)都不做生物學(xué)重復(fù)。 給你一個文獻(xiàn)看看吧： Sequencing technology does not eliminate biological variability. Kasper D Hansen, Zhijin Wu, Rafael A Irizarry & Jeffrey T Leek. Nat Biotechnol., 2011. 29(7): 572–573. |
2樓2014-06-18 10:36:47
12樓2014-07-15 14:05:52
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【答案】應(yīng)助回帖
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liyongrui1(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2014-06-27 16:42:32
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liyongrui1(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2014-06-27 16:42:32
| 我看到的一般都是一次測幾個樣品，其中包括對照和若干個平行實驗。你說的重復(fù)應(yīng)該是在不同時間點做幾次相同的實驗吧，我覺得在轉(zhuǎn)錄測序領(lǐng)域是沒有必要，這門技術(shù)穩(wěn)定性本來就不是很好，幾次實驗結(jié)果有差異很正常的。不過從測序結(jié)果中抽取關(guān)鍵基因做深入的驗證還是很不錯的。還有網(wǎng)上應(yīng)該也有別人和你做了類似的測序或芯片吧，可以拿別人的結(jié)果來做個對比。 |
7樓2014-06-19 10:19:35
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8樓2014-06-19 11:09:23
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9樓2014-06-21 00:20:11
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liyongrui1(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2014-06-27 16:42:45
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10樓2014-06-26 19:04:58
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