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little_lion木蟲 (小有名氣)
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蛋白質(zhì)中存在非標準殘基的話如何在Gromacs中生成力場 已有2人參與
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2樓2014-06-18 09:57:06
zhangmao511
鐵蟲 (小有名氣)
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Adding a new residue If you have the need to introduce a new residue into an existing force field so that you can use pdb2gmx, or modify an existing one, there are several files you will need to modify. You must consult the manual for description of the required format. Follow these steps: Add the residue to the .rtp file for your chosen force field. You might be able to copy an existing residue, rename it and modify it suitably, or you may need to use an external topology generation tool and adapt the results to the .rtp format. If you need hydrogens to be able to be added to your residue, create an entry in the relevant .hdb file. If you are introducing new atom types, add them to the atomtypes.atp and ffnonbonded.itp files. If you require any new bonded types, add them to ffbonded.itp. Add your residue to residuetypes.dat with the appropriate specification (Protein, DNA, Ion, etc). If the residue involves special connectivity to other residues, update specbond.dat. To avoid an issue with grompp, in your new residue do not use the atom names O1, O2, and probably H1, H2 and H3 also. These might otherwise be picked up as atoms from possible peptide termini, which is likely not what you'd want. 這個是Gromacs官網(wǎng)教程講的，我是按上面的步驟新添的非標準殘基。然后看你用的是什么力場，我用的是Gromos96力場，在該力場文件夾下找到.rtp文件，這個文件定義了所有標準殘基的信息，在這個文件的末尾手動追加一個你自己的新殘基信息。至于新殘基你得先手動畫一個你自己的殘基出來（有很多軟件可以畫，chem3D , gaussview5）,畫完之后記得對這個殘基能量最小化一下。保存成PDB格式文件，丟到prodrg2網(wǎng)站上，它會直接生成出你要的拓撲信息，你要按照它生成出的拓撲信息為基準，手動修改成Gromos力場.rtp文件格式（你可以參照.rtp文件任何一個氨基酸來修改）。接著再去修改HDB文件，如果你有新的院子類型就得追加atomtypes.atp 文件，沒有就不用。最后，在residuetypes.dat上追加你新殘基的名字即可。我就是這樣手動修改的力場文件。 樓上說的acpype也可以用，支持Gromacs，我也用過。但是前提你得安裝Ambertools，裝了Ambertool就antechamber了，但是我裝起來有點麻煩，我是CENTOS系統(tǒng)，差這個包差那個包，補了半天才裝上。還有一個問題，acpype好像是針對全原子力場的，比如opls。而Gromos96是聯(lián)合力場。。。這個……我就不知道了。。看你模擬的時候，選的哪個力場了。。。 |
3樓2014-06-21 19:36:01
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