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little_lion木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
蛋白質(zhì)中存在非標(biāo)準(zhǔn)殘基的話如何在Gromacs中生成力場(chǎng) 已有2人參與
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2樓2014-06-18 09:57:06
zhangmao511
鐵蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 33
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【答案】應(yīng)助回帖
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little_lion: 金幣+20, ★★★很有幫助, 非常感謝哦 2014-06-23 16:47:55
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-25 13:51:45
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Adding a new residue If you have the need to introduce a new residue into an existing force field so that you can use pdb2gmx, or modify an existing one, there are several files you will need to modify. You must consult the manual for description of the required format. Follow these steps: Add the residue to the .rtp file for your chosen force field. You might be able to copy an existing residue, rename it and modify it suitably, or you may need to use an external topology generation tool and adapt the results to the .rtp format. If you need hydrogens to be able to be added to your residue, create an entry in the relevant .hdb file. If you are introducing new atom types, add them to the atomtypes.atp and ffnonbonded.itp files. If you require any new bonded types, add them to ffbonded.itp. Add your residue to residuetypes.dat with the appropriate specification (Protein, DNA, Ion, etc). If the residue involves special connectivity to other residues, update specbond.dat. To avoid an issue with grompp, in your new residue do not use the atom names O1, O2, and probably H1, H2 and H3 also. These might otherwise be picked up as atoms from possible peptide termini, which is likely not what you'd want. 這個(gè)是Gromacs官網(wǎng)教程講的，我是按上面的步驟新添的非標(biāo)準(zhǔn)殘基。然后看你用的是什么力場(chǎng)，我用的是Gromos96力場(chǎng)，在該力場(chǎng)文件夾下找到.rtp文件，這個(gè)文件定義了所有標(biāo)準(zhǔn)殘基的信息，在這個(gè)文件的末尾手動(dòng)追加一個(gè)你自己的新殘基信息。至于新殘基你得先手動(dòng)畫一個(gè)你自己的殘基出來(lái)（有很多軟件可以畫，chem3D , gaussview5）,畫完之后記得對(duì)這個(gè)殘基能量最小化一下。保存成PDB格式文件，丟到prodrg2網(wǎng)站上，它會(huì)直接生成出你要的拓?fù)湫畔�，你要按照它生成出的拓�(fù)湫畔榛鶞?zhǔn)，手動(dòng)修改成Gromos力場(chǎng).rtp文件格式（你可以參照.rtp文件任何一個(gè)氨基酸來(lái)修改）。接著再去修改HDB文件，如果你有新的院子類型就得追加atomtypes.atp 文件，沒(méi)有就不用。最后，在residuetypes.dat上追加你新殘基的名字即可。我就是這樣手動(dòng)修改的力場(chǎng)文件。 樓上說(shuō)的acpype也可以用，支持Gromacs，我也用過(guò)。但是前提你得安裝Ambertools，裝了Ambertool就antechamber了，但是我裝起來(lái)有點(diǎn)麻煩，我是CENTOS系統(tǒng)，差這個(gè)包差那個(gè)包，補(bǔ)了半天才裝上。還有一個(gè)問(wèn)題，acpype好像是針對(duì)全原子力場(chǎng)的，比如opls。而Gromos96是聯(lián)合力場(chǎng)。。。這個(gè)……我就不知道了。�？茨隳M的時(shí)候，選的哪個(gè)力場(chǎng)了。。。 |
3樓2014-06-21 19:36:01
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