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[求助] 關(guān)于PCR引物設(shè)計(jì)的求助已有3人參與

鄙人新手一枚，很多東西都不懂，所以來求助了。
PCR引物設(shè)計(jì)有什么技巧�。恐耙部戳撕芏噘Y料，關(guān)于PCR引物設(shè)計(jì)的原則，比如CG含量在40-60%，溫度在58-60,℃為宜等等初步判斷PCR一對(duì)引物的優(yōu)劣，但是我們一位師姐建議我們，說PCR引物設(shè)計(jì)時(shí)，一點(diǎn)引物二聚體、錯(cuò)誤配對(duì)都不要有（我用的primer5.0軟件），但是我發(fā)現(xiàn)熊掌和魚往往不能兼得，考慮到CG，溫度等，一般設(shè)計(jì)時(shí)會(huì)出現(xiàn)二聚體，只是能值還是比較低的（δG<9），或者出現(xiàn)錯(cuò)誤配對(duì)，如果考慮二聚體等，CG含量一般又比較低。在此我想向大神們請(qǐng)教下，這種情況下，我如何選擇呢？是不是在做熒光定量引物時(shí)，一點(diǎn)二聚體什么的都不能有？

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1樓 2014-06-22 09:23:10

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妳口妳口

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kx444555: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2014-06-23 08:25:46

看rating得分，CG實(shí)在低就把引物長度加點(diǎn)

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2樓2014-06-22 09:36:04

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a50044758

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膽子大點(diǎn)，放心去設(shè)計(jì)吧，有二聚體什么什么的，對(duì)試驗(yàn)結(jié)果基本上沒有影響。

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3樓2014-06-24 14:40:39

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愛上魚……

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其實(shí)有時(shí)候有二聚和錯(cuò)配，擴(kuò)增還是可以擴(kuò)出來，有些真沒那么大的講究。
但是還是選個(gè)值好點(diǎn)的擴(kuò)吧

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懶病又犯了……

4樓2014-06-24 17:13:19

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 妳口妳口 at 2014-06-22 09:36:04
看rating得分，CG實(shí)在低就把引物長度加點(diǎn)

謝謝~

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5樓2014-06-24 19:12:50

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引用回帖:

3樓: Originally posted by a50044758 at 2014-06-24 14:40:39
膽子大點(diǎn)，放心去設(shè)計(jì)吧，有二聚體什么什么的，對(duì)試驗(yàn)結(jié)果基本上沒有影響。

好的，謝謝~

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6樓2014-06-24 19:13:06

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引用回帖:

4樓: Originally posted by 愛上魚…… at 2014-06-24 17:13:19
其實(shí)有時(shí)候有二聚和錯(cuò)配，擴(kuò)增還是可以擴(kuò)出來，有些真沒那么大的講究。
但是還是選個(gè)值好點(diǎn)的擴(kuò)吧

謝謝指點(diǎn)~

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7樓2014-06-24 19:13:26

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西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-08-20 16:54:03

用NCBI的Primer-Blast設(shè)計(jì)吧，那個(gè)給出有一個(gè)引物特異性評(píng)分，評(píng)分低于5的就可以了，設(shè)計(jì)的時(shí)候主要看3‘端是否有相似3個(gè)重復(fù)，然后GC含量是否超過10% 就可以了其他的都比較只管，個(gè)人比較喜歡用NCBI的Primer-Blast

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You can't depend on luck, so you had better focus on the others!

8樓2014-07-20 21:14:13

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一般來說要求沒那么嚴(yán)格，還有看你的實(shí)驗(yàn)?zāi)康牧�，大膽去嘗試吧，分子實(shí)驗(yàn)有時(shí)候很詭異

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9樓2014-07-22 17:03:55

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可以結(jié)合Oligo進(jìn)行引物分析，問題不是太嚴(yán)重一般都可以跑出來

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道之所在，雖千萬人吾往矣！

10樓2014-08-20 15:21:31

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