 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1705 | 回復(fù): 3 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
zhuimeng08銀蟲 (正式寫手)
|
[交流]
gromacs npt出現(xiàn)問題 已有1人參與
|
||
|
在對體系跑npt平衡時，盒子中出現(xiàn)了空洞，這是怎么回事？ 下面是我跑完npt的pdb。一共跑了500ps，在大約300ps是開始出現(xiàn)洞。 我分別嘗試了 在z軸不同的壓力，一個是1atm 2atm 都出現(xiàn)了洞。 參數(shù)應(yīng)該怎樣調(diào)整呢？ ; Temperature coupling is on in three groups Tcoupl = Nose-Hoover ; Weak coupling tc_grps = protein_HEM_UHD SOL DPPC ; three coupling groups - more accurate tau_t = 0.5 0.5 0.5 ; time constant, in ps ref_t = 325 325 325 ; reference temperature, one for each group, in K Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman ; Weak coupling Pcoupltype = semiisotropic ; uniform scaling of x-y vectors, independent z tau_p = 5.0 ref_p = 2.0 2.0 ; reference pressure, x-y, z (in bar) compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 ; isothermal compressibility, bar^-1 ; Generate velocities is off gen_vel = no ; Velocity generation is off ; Periodic boundary conditions are on in all directions pbc = xyz ; 3-D PBC |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : np1.pdb
- 附件 2 : np.mdp
2014-07-18 10:04:38, 20.59 M
2014-07-18 10:09:58, 2.45 K
» 猜你喜歡
290求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
327求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
085600 286分 材料求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
085601材料工程找調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
材料與化工272求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
一志愿北京工業(yè)大學(xué)，324分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- Gromacs里關(guān)于設(shè)定水盒子形狀的問題？？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 求助NAMD模擬后的結(jié)果如何處理
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 環(huán)己烷在gromacs中的gromos45a3力場中的itp文件怎么寫？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 怎樣用能量和溫度判斷體系達(dá)到收斂了？（600ps水盒子溫度波動還很大）
已經(jīng)有31人回復(fù)
- gromacs運(yùn)行問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- gromacs蛋白計算結(jié)束后老是跑出盒子
已經(jīng)有19人回復(fù)
- gromacs NPT restrain 兩個分子
已經(jīng)有5人回復(fù)
- Gromacs能量最小化問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs 模擬時如何固定金屬離子的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 這個錯誤警告怎么回事啊？不能運(yùn)行了
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 請問gromacs導(dǎo)入EAM勢能函數(shù)的問題和lammps導(dǎo)入martini粗�；龅膯栴}
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)的電荷不為整數(shù)問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 關(guān)于NPT控壓器的疑問
已經(jīng)有8人回復(fù)
- gromacs自己添加residue遇到的問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- gromacs 模擬云母遇到的問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- gromacs 模擬NPT系宗出問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- namd模擬，盒子越來越小
已經(jīng)有9人回復(fù)
- gromacs NPT 系綜如何模擬？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- gromacs，用pdb文件生成top文件時遇到的問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【500金幣本版活動】“經(jīng)驗(yàn)力場分子模擬+第一性原理計算問題討論互助及資源共享”
已經(jīng)有82人回復(fù)
- Ubuntu 編譯Lammps 單機(jī)串行錯誤，幫幫忙
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】gromacs出現(xiàn)了一個問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】用NAMD 做NPT模擬遇到下面的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【討論】系綜問題
已經(jīng)有32人回復(fù)
- 【求助】分子模擬總能量是否一定小于0？
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【求助】求助Gromacs中關(guān)于g_hbond的out文件的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
3樓2014-07-22 11:10:41
zhuimeng08
銀蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1381.8
- 散金: 153
- 紅花: 2
- 帖子: 435
- 在線: 276小時
- 蟲號: 1254053
- 注冊: 2011-04-03
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
2樓2014-07-21 11:03:13
zhuimeng08
銀蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1381.8
- 散金: 153
- 紅花: 2
- 帖子: 435
- 在線: 276小時
- 蟲號: 1254053
- 注冊: 2011-04-03
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
4樓2014-07-22 12:45:32
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | 彼岸t 2026-03-29 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑 +17 | 稻妻小編 2026-03-26 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +7 | 小蠟新筆 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿211，335分，0856，求調(diào)劑院校和導(dǎo)師 +5 | 傾____蕭 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0856材料化工調(diào)劑 總分330 +14 | zhubinhao 2026-03-27 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +7 | 璞玉~~ 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分 +4 | Shern—- 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 339求調(diào)劑，想調(diào)回江蘇 +6 | 烤麥芽 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 081200-314 +3 | LILIQQ 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 352分 化工與材料 +5 | 海納百川Ly 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 315調(diào)劑 +4 | 0860求調(diào)劑 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 336材料求調(diào)劑 +7 | 陳瀅瑩 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +6 | Ymlll 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 325求調(diào)劑 +3 | Aoyijiang 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)339材料與化工求調(diào)劑 +3 | 江往賣魚 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +7 | 加一一九 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | plum李子 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +7 | 小羊睡著了? 2026-03-23 | 10/500 |
|