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zhuimeng08銀蟲 (正式寫手)
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[交流]
gromacs npt出現(xiàn)問題 已有1人參與
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在對體系跑npt平衡時，盒子中出現(xiàn)了空洞，這是怎么回事？ 下面是我跑完npt的pdb。一共跑了500ps，在大約300ps是開始出現(xiàn)洞。 我分別嘗試了 在z軸不同的壓力，一個是1atm 2atm 都出現(xiàn)了洞。 參數(shù)應(yīng)該怎樣調(diào)整呢？ ; Temperature coupling is on in three groups Tcoupl = Nose-Hoover ; Weak coupling tc_grps = protein_HEM_UHD SOL DPPC ; three coupling groups - more accurate tau_t = 0.5 0.5 0.5 ; time constant, in ps ref_t = 325 325 325 ; reference temperature, one for each group, in K Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman ; Weak coupling Pcoupltype = semiisotropic ; uniform scaling of x-y vectors, independent z tau_p = 5.0 ref_p = 2.0 2.0 ; reference pressure, x-y, z (in bar) compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 ; isothermal compressibility, bar^-1 ; Generate velocities is off gen_vel = no ; Velocity generation is off ; Periodic boundary conditions are on in all directions pbc = xyz ; 3-D PBC |
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- 附件 2 : np.mdp
2014-07-18 10:04:38, 20.59 M
2014-07-18 10:09:58, 2.45 K
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zhuimeng08
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4樓2014-07-22 12:45:32
zhuimeng08
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2樓2014-07-21 11:03:13
3樓2014-07-22 11:10:41
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