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過(guò)渡態(tài)求助：兩個(gè)原子振動(dòng)的過(guò)渡態(tài)該如何尋找呢？ 已有1人參與
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各位大俠好！這個(gè)問(wèn)題困了我快一個(gè)月了，主要是牽扯到兩個(gè)原子在振動(dòng)，具體如圖所示。這步的反應(yīng)是15號(hào)氫原子從14號(hào)氧原子跑到12號(hào)氧原子上，而9號(hào)氫原子從4號(hào)碳原子上跑到3號(hào)碳原子上。輸入文件如下 # opt=(calcfc,qst3,maxcycle=200) freq b3lyp/6-31++g(d,p) scrf=(solvent=water,read) nosymm geom=connectivity 計(jì)算完后是收斂的，但是是9號(hào)氫原子在震來(lái)震去，而15號(hào)氫原子卻固定在14號(hào)氧原子上沒動(dòng)，明顯不是我想要的。具體的輸出文件附上，懇請(qǐng)各位高手指點(diǎn)一下，這種反應(yīng)的過(guò)渡態(tài)到底該怎么做呢？是不是像我過(guò)渡態(tài)那么畫的呢。 反應(yīng)物.jpg 產(chǎn)物.jpg 過(guò)渡態(tài).jpg 附件輸出中的原子順序不是我附圖的這個(gè)，但是原理都一樣的，都存在同樣的問(wèn)題，因?yàn)槲以嚵撕芏啻�，所以順序不一樣。關(guān)鍵是這種問(wèn)題該怎么解決呢？ |
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2014-08-21 13:55:27, 1.99 M
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fatpig8832
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2樓2014-08-21 14:36:50
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你現(xiàn)在找到了9號(hào)氫原子在振動(dòng)，且15號(hào)沒動(dòng)的過(guò)渡態(tài)，這個(gè)是合理的。 沿著這個(gè)過(guò)渡態(tài)做IRC，你會(huì)找到一個(gè)9號(hào)和3號(hào)已經(jīng)連在一起，但15號(hào)沒動(dòng)的中間體。 根據(jù)這個(gè)中間體再找一個(gè)15號(hào)振動(dòng)的過(guò)渡態(tài)即可。 簡(jiǎn)單地說(shuō)，這兩個(gè)氫原子無(wú)法同時(shí)轉(zhuǎn)移，你需要找兩個(gè)過(guò)渡態(tài)，一次轉(zhuǎn)移一個(gè)... |
4樓2014-08-21 14:52:55
5樓2014-08-21 15:32:57
6樓2014-08-21 15:43:52
fatpig8832
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7樓2014-08-21 16:25:04
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