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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 分子模擬的時間問題
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snchenge8778木蟲 (小有名氣)
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[求助]
分子模擬的時間問題
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| 我想問一下為什么分子動力學模擬的時間設置只有P秒呢？為什么不能設置幾個小時？ |
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pigrass
專家顧問 (著名寫手)
伊卡斯特的小豬
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
snchenge8778: 回帖置頂 2014-08-28 09:06:08
snchenge8778: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝！ 2014-08-28 09:09:24
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snchenge8778: 回帖置頂 2014-08-28 09:06:08
snchenge8778: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝！ 2014-08-28 09:09:24
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1、沒必要設置那么長 2、計算機資源不夠 關于分子動力學時長的設定 分子動力學計算的基本思想是賦予分子體系初始運動狀態(tài)之后利用分子的自然運動在相空間中抽取樣本進行統(tǒng)計計算，時間步長就是抽樣的間隔，因而時間步長的選取對動力學模擬非常重要。太長的時間步長會造成分子間的激烈碰撞，體系數(shù)據(jù)溢出；太短的時間步長會降低模擬過程搜索相空間的能力，因此一般選取的時間步長為體系各個自由度中最短運動周期的十分之一。 分子動力學 但是通常情況下，體系各自由度中運動周期最短的是各個化學鍵的振動，而這種運動對計算某些 宏觀性質(zhì) 并不產(chǎn)生影響，因此就產(chǎn)生了屏蔽分子內(nèi)部振動或其他無關運動的約束動力學，約束動力學可以有效地增長分子動力學模擬的時間步長，提高搜索相空間的能力。 |
4樓2014-08-26 14:11:38
轉基因猴子
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2樓2014-08-25 13:10:56
sciencejoy
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3樓2014-08-25 14:09:30
pkuchemistry
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5樓2014-08-27 09:20:43
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