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snchenge8778木蟲 (小有名氣)
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[求助]
分子模擬的時(shí)間問題
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| 我想問一下為什么分子動(dòng)力學(xué)模擬的時(shí)間設(shè)置只有P秒呢？為什么不能設(shè)置幾個(gè)小時(shí)？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
snchenge8778: 回帖置頂 2014-08-28 09:06:08
snchenge8778: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝！ 2014-08-28 09:09:24
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
snchenge8778: 回帖置頂 2014-08-28 09:06:08
snchenge8778: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝！ 2014-08-28 09:09:24
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1、沒必要設(shè)置那么長 2、計(jì)算機(jī)資源不夠 關(guān)于分子動(dòng)力學(xué)時(shí)長的設(shè)定 分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算的基本思想是賦予分子體系初始運(yùn)動(dòng)狀態(tài)之后利用分子的自然運(yùn)動(dòng)在相空間中抽取樣本進(jìn)行統(tǒng)計(jì)計(jì)算，時(shí)間步長就是抽樣的間隔，因而時(shí)間步長的選取對(duì)動(dòng)力學(xué)模擬非常重要。太長的時(shí)間步長會(huì)造成分子間的激烈碰撞，體系數(shù)據(jù)溢出；太短的時(shí)間步長會(huì)降低模擬過程搜索相空間的能力，因此一般選取的時(shí)間步長為體系各個(gè)自由度中最短運(yùn)動(dòng)周期的十分之一。 分子動(dòng)力學(xué) 但是通常情況下，體系各自由度中運(yùn)動(dòng)周期最短的是各個(gè)化學(xué)鍵的振動(dòng)，而這種運(yùn)動(dòng)對(duì)計(jì)算某些 宏觀性質(zhì) 并不產(chǎn)生影響，因此就產(chǎn)生了屏蔽分子內(nèi)部振動(dòng)或其他無關(guān)運(yùn)動(dòng)的約束動(dòng)力學(xué)，約束動(dòng)力學(xué)可以有效地增長分子動(dòng)力學(xué)模擬的時(shí)間步長，提高搜索相空間的能力。 |
4樓2014-08-26 14:11:38
pkuchemistry
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5樓2014-08-27 09:20:43
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