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SiO2晶體的分子模擬 已有1人參與
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請問一下，在使用ms對SiO2進(jìn)行動力學(xué)模擬時，從庫中導(dǎo)入晶胞參數(shù) a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm的SiO2后，在此基礎(chǔ)上構(gòu)建3×3×3 的超原胞，并保持晶胞參數(shù) a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm，為什么不能進(jìn)行動力學(xué)模擬了，總是報錯Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000 invoked from within"dynamics \ 這是什么原因？謝謝 導(dǎo)入的SiO2和在此基礎(chǔ)上構(gòu)建的超晶胞如下： 360截圖20140829121232859.jpg 360截圖20140829121310015.jpg |
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2樓2014-08-29 15:36:50
yuexiaoming
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3樓2014-08-29 15:45:36
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5樓2014-08-29 15:55:07
yuexiaoming
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6樓2014-08-29 19:15:15
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不行啊，那里面默認(rèn)是5000，我將它設(shè)成1000或者更大都不行，我將它設(shè)小于5000也同樣的報錯。從庫中導(dǎo)入的SiO2的 a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm，我構(gòu)建超晶胞后它的a=b=14.739nm,c=16.2156nm,論文上的意思是將構(gòu)建超晶胞后的abc改為和導(dǎo)入時的一樣，但是這樣在分子動力學(xué)模擬時總是報錯，如果我不改動，按照構(gòu)建后的參數(shù)a=b=14.739nm,c=16.2156nm，這樣的話在做分子動力學(xué)模擬時不會報錯了，但是這樣建的模型和別人論文上的就不同了，這如何是好呢？ |
7樓2014-08-30 09:53:30
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9樓2015-05-07 21:37:23
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