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[求助]
SiO2晶體的分子模擬 已有1人參與
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請(qǐng)問(wèn)一下，在使用ms對(duì)SiO2進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬時(shí)，從庫(kù)中導(dǎo)入晶胞參數(shù) a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm的SiO2后，在此基礎(chǔ)上構(gòu)建3×3×3 的超原胞，并保持晶胞參數(shù) a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm，為什么不能進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬了，總是報(bào)錯(cuò)Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000 invoked from within"dynamics \ 這是什么原因？謝謝 導(dǎo)入的SiO2和在此基礎(chǔ)上構(gòu)建的超晶胞如下： 360截圖20140829121232859.jpg 360截圖20140829121310015.jpg |
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不行啊，那里面默認(rèn)是5000，我將它設(shè)成1000或者更大都不行，我將它設(shè)小于5000也同樣的報(bào)錯(cuò)。從庫(kù)中導(dǎo)入的SiO2的 a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm，我構(gòu)建超晶胞后它的a=b=14.739nm,c=16.2156nm,論文上的意思是將構(gòu)建超晶胞后的abc改為和導(dǎo)入時(shí)的一樣，但是這樣在分子動(dòng)力學(xué)模擬時(shí)總是報(bào)錯(cuò)，如果我不改動(dòng)，按照構(gòu)建后的參數(shù)a=b=14.739nm,c=16.2156nm，這樣的話(huà)在做分子動(dòng)力學(xué)模擬時(shí)不會(huì)報(bào)錯(cuò)了，但是這樣建的模型和別人論文上的就不同了，這如何是好呢？ |
7樓2014-08-30 09:53:30
2樓2014-08-29 15:36:50
yuexiaoming
新蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2014-08-29 15:45:36
弄錯(cuò)了，我還認(rèn)為是蟲(chóng)友，你知道怎么做嗎 4樓2014-08-29 15:53:32
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