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xmc!.金蟲 (正式寫手)
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知道肽序列，如何查找數(shù)據(jù)庫
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| 問題：從水稻中分離、鑒定出一種肽，比如序列是Met-Pro-Ser�，F(xiàn)在想驗證下我的鑒定結果，想反查水稻的基因序列中是否有這種肽的編碼，也就是說Met-Pro-Ser這個肽有沒有可能來自水稻。如何查？知道有些數(shù)據(jù)庫，比如SwissProt，但不會用。請指點。不勝感激！ |
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2樓2014-09-03 19:40:15
dinglong178
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4樓2014-09-04 08:41:04
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5樓2014-09-04 08:42:53
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西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2014-09-04 19:38:18
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應該用blastp，1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。 3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產(chǎn)生36種比對陣列。 |
6樓2014-09-04 09:32:20
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