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xmc!.金蟲 (正式寫手)
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[求助]
知道肽序列，如何查找數(shù)據(jù)庫
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| 問題：從水稻中分離、鑒定出一種肽，比如序列是Met-Pro-Ser�，F(xiàn)在想驗(yàn)證下我的鑒定結(jié)果，想反查水稻的基因序列中是否有這種肽的編碼，也就是說Met-Pro-Ser這個(gè)肽有沒有可能來自水稻。如何查？知道有些數(shù)據(jù)庫，比如SwissProt，但不會(huì)用。請(qǐng)指點(diǎn)。不勝感激！ |
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xmc!.
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4樓2014-09-04 08:41:04
2樓2014-09-03 19:40:15
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5樓2014-09-04 08:42:53
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西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-09-04 19:38:18
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-09-04 19:38:18
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應(yīng)該用blastp，1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的序列比對(duì)。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會(huì)被翻譯成可能的六條蛋白），再對(duì)每一條作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì)。 3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一地核酸序列比對(duì)。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列。 |
6樓2014-09-04 09:32:20
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