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nanjizhou91木蟲 (小有名氣)
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[求助]
DGGE微生物多樣性，細(xì)菌和真菌引物的選擇 已有4人參與
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我要做土壤微生物多樣性的分析，采用DGGE的方法（好多人建議用高通量，但是本項試驗只用測定優(yōu)勢菌即可，故選擇DGGE），由于是剛開始接觸，很多問題不太了解，有以下疑惑： 1.DGGE之后要進(jìn)行克隆測序,那么細(xì)菌和真菌的引物用哪些好？ 2.經(jīng)典引物338F/518R,好多人都說不能用于測序，那么341、907呢？也有人推薦27、1492？這些引物分別代表哪個區(qū)？ 3.真菌引物用GC-Fung和NS1能有好的測序效果嗎？ 急用�。�！非常感謝各位大神的鼎力相助！ |
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4樓2014-09-24 10:38:11
【答案】應(yīng)助回帖
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nanjizhou91(dllchina代發(fā)): 金幣+3, good 2014-09-24 10:01:57
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1、做DGGE原核微生物多樣性分析的引物用的比較多的是：338F和518R (V3區(qū)) 真菌的引物做的比較多的是V4區(qū)和ITS（具體引物序列可以查找相關(guān)文獻(xiàn)） 2、“不能用于測序”這句話，我不是很明白你的意思。341F、907R是V3-V5區(qū)，27F、1492R是V1-V9區(qū)。 3、這些引物沒有用過，具體怎樣沒法告知。 建議：如果你打算采用DGGE分析土壤微生物多樣性的話，擴(kuò)增片段不要過長或者過短。因為DGGE只能對200-700bp的片段有效地分離，過大或者過小的片段分離效果都不是很好。 以上是本人拙見，供你參考。 |
3樓2014-09-24 09:51:35
nanjizhou91
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5樓2014-09-24 10:38:58
6樓2014-09-24 16:36:41
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