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[求助]
southern blot酶切基因組問題 已有2人參與
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| 如題，做southern blot時，在酶切基因組的時候應(yīng)該用單切還是雙酶切？看好多說單酶切，那么單酶切之后探針結(jié)合的條帶大小為什么會和敲入的基因大小相同？單切應(yīng)該不可能正好切下來目的片段的啊 ，切下來大小不一樣跑的位置肯定不一樣的啊。。。求解！ |
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3樓2014-12-04 00:48:08
ksws0465326
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
cnzpli(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2014-12-04 19:54:39
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cnzpli(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2014-12-04 19:54:39
做southern的話，我一般都選單酶切，先利用軟件查找你要酶切堅定的片段上下游大概5k到10k bp的序列，然后從中確定要是用的霉，因為一個酶在目的基因或者目的基因其上下游都可能存在酶切位點，所以我的話一般都找目的基因內(nèi)沒有酶切位點，而在其上下游附近都存在酶切位點的酶，兩位點之間的堿基數(shù)也可知，假如為5000bp而目的基因片段為3000bp，則探針結(jié)合到酶切片段時因為此片段為5000bp所以結(jié)果顯示為5000bp的條帶。如果你找的單酶切在目的基因和其上下游均有位點，例如還是5000的片段，目的基因在其中的1500到4500，你選的酶在目的基因上的第500個堿基位置進行酶切，也就是說目的基因分為500，和2500，因此，此5000bp的片段就分為了2000bp和3000bp的條帶，探針雖然是目的片段的全長，但還是可以結(jié)合到被切割為兩段的片段上，所以檢測出來就顯示為2000和3000的條帶了。不知道以上的講解能否為樓主解惑。。。 |
2樓2014-12-03 22:02:03
4樓2014-12-04 14:21:05
5樓2014-12-04 14:28:15
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