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southern blot酶切基因組問題 已有2人參與
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| 如題,做southern blot時,在酶切基因組的時候應(yīng)該用單切還是雙酶切?看好多說單酶切,那么單酶切之后探針結(jié)合的條帶大小為什么會和敲入的基因大小相同?單切應(yīng)該不可能正好切下來目的片段的啊 ,切下來大小不一樣跑的位置肯定不一樣的啊。。。求解! |
金蟲 (小有名氣)
做southern的話,我一般都選單酶切,先利用軟件查找你要酶切堅定的片段上下游大概5k到10k bp的序列,然后從中確定要是用的霉,因為一個酶在目的基因或者目的基因其上下游都可能存在酶切位點,所以我的話一般都找目的基因內(nèi)沒有酶切位點,而在其上下游附近都存在酶切位點的酶,兩位點之間的堿基數(shù)也可知,假如為5000bp而目的基因片段為3000bp,則探針結(jié)合到酶切片段時因為此片段為5000bp所以結(jié)果顯示為5000bp的條帶。如果你找的單酶切在目的基因和其上下游均有位點,例如還是5000的片段,目的基因在其中的1500到4500,你選的酶在目的基因上的第500個堿基位置進行酶切,也就是說目的基因分為500,和2500,因此,此5000bp的片段就分為了2000bp和3000bp的條帶,探針雖然是目的片段的全長,但還是可以結(jié)合到被切割為兩段的片段上,所以檢測出來就顯示為2000和3000的條帶了。不知道以上的講解能否為樓主解惑。。。 |
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