 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1925 | 回復(fù): 4 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
kobe6777新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
CI-NEB過渡態(tài)搜索腳本應(yīng)用及處理問題
|
|
|
我用CI-NEB搜索到過渡態(tài)后用nebresults.pl腳本處理數(shù)據(jù)，生成一些列文件，在neb.dat中的數(shù)據(jù)都表示什么意思�。� 0 0.000000 0.000000 0.000000 0 1 1.360466 0.000674 -0.067762 1 2 2.719057 2.251713 0.000777 2 3 3.440332 0.005108 1.945967 3 4 4.161964 -0.380791 0.019030 4 5 4.884291 -0.385686 0.000000 5 1、第二例是image間的距離，他這個(gè)具體是怎么計(jì)算的啊？ 2、第三列是能壘，第四列是每個(gè)imag收到的力，這個(gè)力指的是什么力？怎么判斷他們符不符合標(biāo)準(zhǔn)�。肯Ｍ苷f的具體點(diǎn)！我看他們對(duì)應(yīng)著輸出文件里的這個(gè)NEB: projections on to tangent (spring, REAL) -3.186584 0.000777 REAl的這個(gè)值 還有在nebef.dat中 0 0.000000 -38.792300 0.000000 1 0.009502 -38.791600 0.000700 2 0.009501 -36.540500 2.251800 3 0.004749 -38.787100 0.005200 4 0.007105 -39.173000 -0.380700 5 0.000000 -39.177900 -0.385600 第四列所表示的受力指的是什么力啊？我在OUTCAR中沒有找到相應(yīng)的數(shù)值。。。 怎么判斷算的過渡態(tài)和其他的點(diǎn)在不在同一個(gè)勢(shì)能曲面上啊？ 希望高手能指點(diǎn)指點(diǎn)！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
合肥區(qū)域性重點(diǎn)一本招收調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
22408 359分調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
297求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085602化工求調(diào)劑（331分）
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
307求調(diào)劑
已經(jīng)有18人回復(fù)
-
085701環(huán)境工程求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
288資源與環(huán)境專碩求調(diào)劑，不限專業(yè)，有學(xué)上就行
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
一志愿華東師范大學(xué)有機(jī)化學(xué)專業(yè)，初試351分，復(fù)試被刷求調(diào)劑!
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
266分，求材料相關(guān)專業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 關(guān)于Dmol3優(yōu)化過渡態(tài)搜索問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 在計(jì)算NEB時(shí)如何使用nebmake.pl腳本
已經(jīng)有5人回復(fù)
- CASTEP過渡態(tài)搜索，過渡態(tài)能量很高，怎么辦？
已經(jīng)有18人回復(fù)
- vasp vtst NEB 初學(xué)者入門
已經(jīng)有356人回復(fù)
- CL_NEB方法搜索過渡態(tài) 怎么準(zhǔn)確獲得saddle-point 的幾何及相應(yīng)的振動(dòng)頻率？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- neb結(jié)果分析中遇到的問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- NEB計(jì)算擴(kuò)散路徑的力收斂精度設(shè)置問題
已經(jīng)有16人回復(fù)
- NEB計(jì)算過渡態(tài)和反應(yīng)路徑
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 關(guān)于使用Dmol3進(jìn)行過渡態(tài)搜索的問題！
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 新手請(qǐng)教用NEB方法計(jì)算energy barrier.
已經(jīng)有15人回復(fù)
- CI-neb 收斂問題求教
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 懷疑不存在過渡態(tài)的反應(yīng)，DMOL3用LST/QST 過渡態(tài)搜索，得到的結(jié)構(gòu)和產(chǎn)物一樣
已經(jīng)有10人回復(fù)
- cl-neb結(jié)果不收斂
已經(jīng)有19人回復(fù)
- CASTEP過渡態(tài)搜索，過渡態(tài)能量低于反應(yīng)物
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 過渡態(tài)搜索（LST/QST）問題
已經(jīng)有12人回復(fù)
- vasp 過渡態(tài)計(jì)算 線性插值方法。
已經(jīng)有8人回復(fù)
- CASTEP搜索過渡態(tài)的結(jié)果看不懂
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于CI-NEB
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 【文獻(xiàn)學(xué)習(xí)】JACS上一篇純DFT計(jì)算的文獻(xiàn)： CI-NEB計(jì)算，Leuwdin布局分析，態(tài)密度分析
已經(jīng)有30人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)教CASTEP過渡態(tài)搜索和頻率計(jì)算如何弄？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于vasp NEB
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助成功】怎么樣提高NEB計(jì)算速度?
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】DMol3過渡態(tài)搜索的相關(guān)問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【討論】NEB尋找過渡態(tài)專題討論
已經(jīng)有49人回復(fù)
馮亞娟
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 15 (小學(xué)生)
- 金幣: 2694.5
- 紅花: 7
- 帖子: 328
- 在線: 121.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 2721395
- 注冊(cè): 2013-10-13
- 性別: MM
- 專業(yè): 原子和分子物理
4樓2017-03-17 09:27:02
fxh0402
鐵蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1351.3
- 散金: 32
- 紅花: 3
- 帖子: 257
- 在線: 160.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 2817975
- 注冊(cè): 2013-11-21
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
2樓2015-06-27 09:10:17
kobe6777
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 8271.9
- 紅花: 1
- 帖子: 249
- 在線: 308.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 582925
- 注冊(cè): 2008-07-25
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2015-06-27 20:34:54
get-it
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
- 金幣: 1825.8
- 散金: 26
- 紅花: 4
- 帖子: 273
- 在線: 448.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 3212202
- 注冊(cè): 2014-05-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
|
NEB的思想是使各個(gè)Image能量盡量低，同時(shí)又保持連續(xù)。所謂連續(xù)是指，對(duì)于一個(gè)Image，它是前后兩個(gè)Image的線性組合。 用dft可以計(jì)算出原子受力情況，沿著受力方向移動(dòng)可以降低能量。同樣的，為了保持連續(xù)，NEB虛構(gòu)了一個(gè)彈性力，當(dāng)Image不是線性組合時(shí)，這個(gè)力會(huì)把Image拉向前后兩Image之間。原子受力和彈性力的合力就是NEB的收斂條件。 因?yàn)闆]用過vtst，不清楚樓主文件中的力是不是上述的合力。 個(gè)人理解，如有不當(dāng)請(qǐng)多指教。 |
5樓2017-03-18 12:58:58
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿南開大學(xué)0710生物學(xué)359求調(diào)劑 +5 | 兔兔兔111223314 2026-03-29 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 末未mm 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +8 | 嗯滴的基本都 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
[考研] 071010 323 分求調(diào)劑 +3 | Baekzhy 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境科學(xué)與工程334分求調(diào)劑 +6 | 王一一依依 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑 +25 | RichLi_ 2026-03-25 | 25/1250 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +10 | 蛋黃咸肉粽 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | QiMing7 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 294分080500材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +8 | 柳溪邊 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 086000生物與醫(yī)藥調(diào)劑 +5 | Feisty。 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +7 | 江辭666 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +5 | 舊吢 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | 蘆lty 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +12 | PolarBear11 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 零八# 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分調(diào)劑 +4 | 大饞小子 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +5 | 哇盧卡庫 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)一志愿南京師范大學(xué)303求調(diào)劑 +3 | zzffylgg 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大071010，316分求調(diào)劑 +3 | xgbiknn 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械學(xué)碩310分，數(shù)一英一，一志愿211本科雙非找調(diào)劑信息 +3 | @357 2026-03-25 | 3/150 |
|