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[求助]
并行版的gromacs安裝
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我的gromacs是4.6.6-1版本的，單機版的ubuntu軟件中心有，我直接安裝了�？墒遣⑿邪娴膅romacs要手動編譯。我是按照下面的方法弄的。 下面將安裝并行版的Gromacs. （1）準備工作 a.安裝gcc: sudo apt-get install gcc (這一步可以省略，一般ubuntu是包含gcc的，如果你的機子沒有，請按此安裝） b.安裝g++: sudo apt-get install g++ c. 安裝gfortran: sudo apt-get install fort77。 (以上三個軟件是為了安裝下面的lam-mpi) d. 安裝lam-mpi: 下載：wget http://www.lam-mpi.org/download/files/lam-7.1.4.tar.bz2 解壓：tar xvjf lam-7.1.4.tar.bz2 安裝： cd lam-7.1.4 ./configure make make install 至此，安裝并行版Gromacs的準備工作已完成。返回gromacs的解壓目錄： cd ../gromacs-xxx (2) 安裝并行版Gromacs make clean ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi make mdrun （因為只有mdrun需要并行，所以，之需要make mdrun) sudo make install-mdrun. 安裝并行版Gromacs的準備工作已完成。開始第（2）步之前，它說“要返回gromacs解壓目錄”，我不知道gromacs解壓在哪里，因為單機版的gromacs是系統(tǒng)自己就有的。求大神指點，我剛接觸，所以一竅不通。。。 |
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2樓2015-01-19 10:59:21
neverlando
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