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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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[求助] 用gromacs做分子動(dòng)力學(xué)模擬，如何把底物分子固定住啊已有3人參與

因?yàn)槟M跑一段時(shí)間，底物就會(huì)發(fā)生彎曲，有時(shí)候會(huì)移動(dòng)到一個(gè)奇怪的位置，求教大神怎么辦？

聽(tīng)說(shuō)有位置局限分子動(dòng)力學(xué)，求教啊

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1樓 2015-01-20 19:51:49

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3樓: Originally posted by fangsteel at 2015-01-22 16:49:33
利用index文件，把需要固定的原子單獨(dú)定義一個(gè)group，然后在mdp文件里設(shè)置這個(gè)group是在xyz三個(gè)方向都固定就行

請(qǐng)問(wèn)設(shè)置了index文件，怎么在mdp文件里固定��？是哪一行參數(shù)啊

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4樓2015-01-27 11:15:46

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870277182(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2015-01-27 21:43:33

沒(méi)有Constrain嗎？我沒(méi)用過(guò)Gromacs，但你可以類比MS吧

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用青春書(shū)寫(xiě)青春

2樓2015-01-21 21:22:24

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fangsteel

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870277182(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 感謝指導(dǎo) 2015-01-27 21:43:41

利用index文件，把需要固定的原子單獨(dú)定義一個(gè)group，然后在mdp文件里設(shè)置這個(gè)group是在xyz三個(gè)方向都固定就行

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gromacs

3樓2015-01-22 16:49:33

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awaken2013

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870277182(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-01-27 21:43:52

引用回帖:

4樓: Originally posted by 870277182 at 2015-01-27 11:15:46
請(qǐng)問(wèn)設(shè)置了index文件，怎么在mdp文件里固定�。渴悄囊恍袇�(shù)啊...

請(qǐng)查看官網(wǎng)online manual 中的make_index

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5樓2015-01-27 17:38:48

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