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duyang1217

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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序正常分析會(huì)得到大量的差異基因，之后大家都不知道如何進(jìn)行下面的試驗(yàn)，不知所從，我現(xiàn)在在此基礎(chǔ)上繼續(xù)閱讀大量文獻(xiàn)分析得到更少的候選基因，有沒(méi)有意義？能發(fā)文章嗎？大家有什么看法，可以發(fā)表下意見(jiàn)。

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1樓 2015-03-30 11:18:45

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4樓: Originally posted by duyang1217 at 2015-03-31 21:07:04
是啊，這也是我頭疼的問(wèn)題。但是我看RNA-seq的文章都是得到大量的差異基因，KEGG和GO分析，討論的也較片面；所以我想分析的更充分些，將差異基因所小范圍找出更有依據(jù)的關(guān)鍵基因，但是我寫(xiě)好后投出去，編輯直接說(shuō)我 ...

你要先問(wèn)問(wèn)自己當(dāng)初為什么做這個(gè)分析。是因?yàn)榉椒▽W(xué)比較時(shí)髦、大家都在做？還是自己想解決某個(gè)具體問(wèn)題，需要做這一分析。如果是前者，大概就會(huì)落到目前的狀態(tài)：下一步該怎么做、甚至如何分析、利用所得到的結(jié)果都不知道怎么做了。

任何兩種條件下都會(huì)有許多差異表達(dá)的基因，這是毫無(wú)疑問(wèn)的。所以單純找出一大把的差異基因不能說(shuō)沒(méi)有意義，而只能說(shuō)是這是問(wèn)題的開(kāi)始而不是結(jié)束。所以單憑這些結(jié)果不能說(shuō)發(fā)不了文章，但肯定發(fā)不了好的文章，因?yàn)檫@只是故事的開(kāi)始。

你可以通過(guò)各種分析、統(tǒng)計(jì)手段表面這些差異基因是真的差異。但必需有個(gè)validation的過(guò)程，當(dāng)然顯然不需要所有的都去驗(yàn)證，但至少有驗(yàn)證若干有代表性的基因，而且盡可能在mRNA和蛋白水平上進(jìn)行驗(yàn)證。具體選擇哪些基因，則取決于你開(kāi)始做這個(gè)分析的初衷，或者說(shuō)你要解決的主要問(wèn)題。當(dāng)然驗(yàn)證完畢后還需要后續(xù)各種工作的繼續(xù)和深入，如差異基因的表達(dá)調(diào)控、生物學(xué)功能的檢測(cè)和相關(guān)機(jī)制、siganling pathway的分析等等，才算得上一篇完整的論文。

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5樓2015-04-01 10:22:46

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原則上是有的，但是你怎么說(shuō)服別人，你選的候選基因更可靠？

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3樓2015-03-30 15:18:41

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做DGE有固定的論文模式，不過(guò)現(xiàn)在發(fā)也不好發(fā)了

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2樓2015-03-30 12:12:13

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3樓: Originally posted by marineman at 2015-03-30 15:18:41
原則上是有的，但是你怎么說(shuō)服別人，你選的候選基因更可靠？

是啊，這也是我頭疼的問(wèn)題。但是我看RNA-seq的文章都是得到大量的差異基因，KEGG和GO分析，討論的也較片面；所以我想分析的更充分些，將差異基因所小范圍找出更有依據(jù)的關(guān)鍵基因，但是我寫(xiě)好后投出去，編輯直接說(shuō)我的文章描述性?xún)?nèi)容太多，是對(duì)前期工作的總結(jié)。沒(méi)有關(guān)鍵性的進(jìn)展；目前我還沒(méi)有很好的思路。請(qǐng)大俠給些建議，謝謝。

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4樓2015-04-01 10:07:04

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5樓: Originally posted by ssssllllnnnn at 2015-04-01 10:22:46
你要先問(wèn)問(wèn)自己當(dāng)初為什么做這個(gè)分析。是因?yàn)榉椒▽W(xué)比較時(shí)髦、大家都在做？還是自己想解決某個(gè)具體問(wèn)題，需要做這一分析。如果是前者，大概就會(huì)落到目前的狀態(tài)：下一步該怎么做、甚至如何分析、利用所得到的結(jié)果都 ...

非常感謝。我準(zhǔn)備對(duì)我選出的基因進(jìn)行驗(yàn)證后，把這些驗(yàn)證結(jié)果加到文章中去，調(diào)整一下討論，再投。謝謝。

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6樓2015-04-01 11:10:30

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6樓: Originally posted by duyang1217 at 2015-04-01 11:10:30
非常感謝。我準(zhǔn)備對(duì)我選出的基因進(jìn)行驗(yàn)證后，把這些驗(yàn)證結(jié)果加到文章中去，調(diào)整一下討論，再投。謝謝。...

能做很多圖，可以看這個(gè)demo: http://a2genomics.com/

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7樓2015-04-04 08:08:10

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陳小喵

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4樓: Originally posted by duyang1217 at 2015-04-01 10:07:04
是啊，這也是我頭疼的問(wèn)題。但是我看RNA-seq的文章都是得到大量的差異基因，KEGG和GO分析，討論的也較片面；所以我想分析的更充分些，將差異基因所小范圍找出更有依據(jù)的關(guān)鍵基因，但是我寫(xiě)好后投出去，編輯直接說(shuō)我 ...

我也做的這些，你投的是什么雜志��？請(qǐng)問(wèn)你測(cè)序有重復(fù)嗎？

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8樓2015-06-03 10:12:14

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8樓: Originally posted by 陳小喵 at 2015-06-03 10:12:14
我也做的這些，你投的是什么雜志啊？請(qǐng)問(wèn)你測(cè)序有重復(fù)嗎？...

你有沒(méi)有對(duì)這些差異表達(dá)的基因進(jìn)行驗(yàn)證，有沒(méi)有做qPCR？做轉(zhuǎn)錄組之前的意義有沒(méi)有明確？有沒(méi)有對(duì)照？

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9樓2015-06-18 19:34:47

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陳小喵

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9樓: Originally posted by great07225388 at 2015-06-18 19:34:47
你有沒(méi)有對(duì)這些差異表達(dá)的基因進(jìn)行驗(yàn)證，有沒(méi)有做qPCR？做轉(zhuǎn)錄組之前的意義有沒(méi)有明確？有沒(méi)有對(duì)照？
...

有對(duì)照，有qPCR驗(yàn)證

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10樓2015-06-18 21:20:32

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