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木羊子1989新蟲 (小有名氣)
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怎樣用EzTaxon構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹�。�？？ 已有1人參與
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在GenBank上下載的序列然后用MEGA5.0構(gòu)建的體統(tǒng)發(fā)育樹，審稿人給我的意見是：GenBank中的數(shù)據(jù)質(zhì)量參差不齊，隨便編一條序列都能獲得登錄號(hào)。請(qǐng)到EzTaxon server (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ezt_identify; Kim et al., 2012)中進(jìn)行比對(duì)，這個(gè)網(wǎng)站是和模式菌株進(jìn)行比對(duì)，因此數(shù)據(jù)是可靠的。交代發(fā)育樹的構(gòu)建方法和參數(shù)，如neighbour-joining (Saitou & Nei, 1987) 還是 maximum-likelihood methods， bootstrap是多少。 我用那個(gè)網(wǎng)站identify之后就不知道怎么辦了，馬上要畢業(yè)了，需要接收函啊，著急，各位大神幫幫忙�。。。� 16SrDNA序列為：GGCCATTGGCGCATGCTACCATGCAAGTCGAACGGTAACGCAGGAGCTTGCTCCTGGCGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAGGAATCTGCCTGGTAGCGGAGGACAACCCGGGGAAACTCGGGCTAATACTGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCGGGGGATCTTCGGACCTCGCACTATCAGATGAGCCTGCGTCCAATTAGCTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATTGGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCAATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTGCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAAGAAAAGCTGTCGGCTAATACCTGGCAGTCTTGACATCACCTACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTCGTGTAAGTTAGATGTGAAAGCCCCGGGCTTAACCTGGGAATTGCATCTAATACTATACGACTAGAGTTTGATAGAGGAGAGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGCTCAAAACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGAGAACTAGTTGTTGGTCGGATCTTGCCGATCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACCCTTGACATCCTCGGAACTTGTCAGAGATGACTTGGTGCCTTCGGGAACCGAGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCCTAGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTAGGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGGGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGCTGCCAACCCGCGAGGGGGAGCCAATCCCAGAAAACCGGTCCTAGTCCAGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCACTGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGACTGCACCAGAAGTGGATAGTCTAACCTTCGGGAGGACGTCACCACGGTTTGGTTAAGGGTT [ Last edited by 自私的貓1988 on 2015-4-1 at 16:23 ] |
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http://pan.baidu.com/s/1sj1B8XR 這里是我上傳的用MEGA建樹的方法，站內(nèi)信里沒法傳，你下載了自己去看看吧。 |
2樓2015-03-31 14:39:59
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