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[求助]
Docking完成后的受體配體pdb分離
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autodocking是老師幫忙給做好的，他給了我三個文件 1.ligand.pdb 2.protein.pdb（只含有蛋白質(zhì)無雜質(zhì)，而且是單鏈） 3.ligand_combine_protein.pdb 目的是想分析一下受體結合配體以后構象的變化。 是這樣的： 我在VMD打開第3個文件，并不顯示配體的構象，只顯示的蛋白質(zhì)的構象（幾乎同文件2一樣）。圖像上根本看不出來構象的變化，所以我現(xiàn)在想把文件3分成ligand1.pdb和protein1.pdb（或者有什么命令行只提取其中的受體蛋白質(zhì)部分），然后再拿protein1.pdb生成protein1.psf再來和之前未結合配體的protein.psf比較，這樣可行么。導師讓我先把這三個文件的psf做出來。 我入門級別，只學了半個多月，研究生轉(zhuǎn)成這個方向近期開始鼓搗。畢設導師建議我這個做畢業(yè)設計，所以很認真對待，可能問題比較基礎，還請有心蟲友耐心解答，感激不盡。 希望： （最好使用VMD）蟲友能幫我把具體的命令和步驟寫清楚，還有需要的腳本文件，不勝感激，金幣是全部啊，少的可憐不要嫌棄啦。。。 |
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