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sexybook新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
Docking完成后的受體配體pdb分離
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autodocking是老師幫忙給做好的，他給了我三個(gè)文件 1.ligand.pdb 2.protein.pdb（只含有蛋白質(zhì)無(wú)雜質(zhì)，而且是單鏈） 3.ligand_combine_protein.pdb 目的是想分析一下受體結(jié)合配體以后構(gòu)象的變化。 是這樣的： 我在VMD打開(kāi)第3個(gè)文件，并不顯示配體的構(gòu)象，只顯示的蛋白質(zhì)的構(gòu)象（幾乎同文件2一樣）。圖像上根本看不出來(lái)構(gòu)象的變化，所以我現(xiàn)在想把文件3分成ligand1.pdb和protein1.pdb（或者有什么命令行只提取其中的受體蛋白質(zhì)部分），然后再拿protein1.pdb生成protein1.psf再來(lái)和之前未結(jié)合配體的protein.psf比較，這樣可行么。導(dǎo)師讓我先把這三個(gè)文件的psf做出來(lái)。 我入門(mén)級(jí)別，只學(xué)了半個(gè)多月，研究生轉(zhuǎn)成這個(gè)方向近期開(kāi)始鼓搗。畢設(shè)導(dǎo)師建議我這個(gè)做畢業(yè)設(shè)計(jì)，所以很認(rèn)真對(duì)待，可能問(wèn)題比較基礎(chǔ)，還請(qǐng)有心蟲(chóng)友耐心解答，感激不盡。 希望： （最好使用VMD）蟲(chóng)友能幫我把具體的命令和步驟寫(xiě)清楚，還有需要的腳本文件，不勝感激，金幣是全部啊，少的可憐不要嫌棄啦。。。 |
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