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生物螞蟻新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
批量修改序列名字 已有2人參與
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各位，好！ 我想批量修改序列的名字，請(qǐng)問(wèn)應(yīng)該怎么做，最好使用perl。序列名字大體如下： >Mt3708298.1 Afjjgjgkkfjgorgjo AAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTT >Mt3708398.1 bvykyjgdjspskgjs CGATGCGCGCGCGAATATATAGCGTAGACTAGATC 我想改成： >Mt3708298.1 >Mt3708398.1 也就是說(shuō)，只要序列名字的前幾位，應(yīng)該怎么寫(xiě)腳本呢？謝謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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wizardfan: 金幣+2, thanks for helping, but there is an error in your codes 2015-05-21 08:06:12
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#!/usr/bin/perl -w open IN,"....";#"...."位置換成初始文件的路徑 open OUT,"...";#"..."位置換成你想保存結(jié)果的文件路徑 while(<IN>  {if(/(^>.*?) /){ print OUT "$1\n"; }else{ print OUT "$_"; } } |
2樓2015-05-20 14:28:51
liuderong
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3樓2015-05-20 14:30:05
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4樓2015-05-21 19:11:50
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6樓2015-05-22 08:02:02
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7樓2015-05-22 19:02:27
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