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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 生物科學 » 綜合其他 » 批量修改序列名字
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[求助]
批量修改序列名字 已有2人參與
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各位，好！ 我想批量修改序列的名字，請問應該怎么做，最好使用perl。序列名字大體如下： >Mt3708298.1 Afjjgjgkkfjgorgjo AAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTT >Mt3708398.1 bvykyjgdjspskgjs CGATGCGCGCGCGAATATATAGCGTAGACTAGATC 我想改成： >Mt3708298.1 >Mt3708398.1 也就是說，只要序列名字的前幾位，應該怎么寫腳本呢？謝謝！ |
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4樓2015-05-21 19:11:50
liuderong
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感謝參與，應助指數(shù) +1
wizardfan: 金幣+2, thanks for helping, but there is an error in your codes 2015-05-21 08:06:12
wizardfan: sorry, no error. my mistake, forget that you do not chomp 2015-05-21 08:08:14
生物螞蟻: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2015-05-23 11:03:16
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#!/usr/bin/perl -w open IN,"....";#"...."位置換成初始文件的路徑 open OUT,"...";#"..."位置換成你想保存結果的文件路徑 while(<IN>  {if(/(^>.*?) /){ print OUT "$1\n"; }else{ print OUT "$_"; } } |
2樓2015-05-20 14:28:51
liuderong
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3樓2015-05-20 14:30:05
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5樓2015-05-21 19:23:48
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