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[求助] 批量修改序列名字已有2人參與

各位，好！
我想批量修改序列的名字，請(qǐng)問應(yīng)該怎么做，最好使用perl。序列名字大體如下：
>Mt3708298.1 Afjjgjgkkfjgorgjo
AAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTT

>Mt3708398.1 bvykyjgdjspskgjs
CGATGCGCGCGCGAATATATAGCGTAGACTAGATC

我想改成：
>Mt3708298.1
>Mt3708398.1
也就是說，只要序列名字的前幾位，應(yīng)該怎么寫腳本呢？謝謝！

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如何向NCBI提交序列【已搜無重復(fù)】已經(jīng)有92人回復(fù)

1樓 2015-05-20 12:15:33

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wizardfan: 金幣+2, thanks for helping, but there is an error in your codes 2015-05-21 08:06:12
wizardfan: sorry, no error. my mistake, forget that you do not chomp 2015-05-21 08:08:14
生物螞蟻: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2015-05-23 11:03:16

#!/usr/bin/perl -w
open IN,"....";#"...."位置換成初始文件的路徑
open OUT,"...";#"..."位置換成你想保存結(jié)果的文件路徑
while(<IN>

{
if(/(^>.*?) /){
print OUT "$1\n";
}else{
print OUT "$_";
}
}

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2樓2015-05-20 14:28:51

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【答案】應(yīng)助回帖

“>Mt3708398.1”和“bvykyjgdjspskgjs”之間是空格鍵才能用上面的代碼，要是是其他就換成其他。

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3樓2015-05-20 14:30:05

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引用回帖:

3樓: Originally posted by liuderong at 2015-05-20 14:30:05
“>Mt3708398.1”和“bvykyjgdjspskgjs”之間是空格鍵才能用上面的代碼，要是是其他就換成其他。

謝謝你！
“>Mt3708398.1”和“bvykyjgdjspskgjs”之間是tab鍵入可以嗎？

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4樓2015-05-21 19:11:50

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wizardfan: 金幣+2, thanks for following posts 2015-05-22 08:02:19

if(/(^>.*?) /){ 這一行換成
if(/(^>.*?)\t/){ 或者 if(/(^>.*?)\s/){

你可以試一下

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5樓2015-05-21 19:23:48

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

go to gio.sbcs.qmul.ac.uk, under misc, there is a tool called Header manipulation which meets your requirement

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6樓2015-05-22 08:02:02

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引用回帖:

5樓: Originally posted by liuderong at 2015-05-21 19:23:48
if(/(^>.*?) /){ 這一行換成
if(/(^>.*?)\t/){ 或者 if(/(^>.*?)\s/){

你可以試一下

謝謝

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7樓2015-05-22 19:02:27

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