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[交流]
LAMMPS輸出的庫(kù)倫能為什么是正值，而MS的discover算出的庫(kù)倫能是負(fù)值 已有4人參與
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| 相同的模型，相同的系宗，相同的力場(chǎng)，相同的參數(shù)設(shè)置，為什么用Material Studio的discover計(jì)算的單點(diǎn)能中庫(kù)倫能是-4萬(wàn)多，而Lammps跑完輸出的能量中庫(kù)倫能是正5萬(wàn)多,看過(guò)手冊(cè)發(fā)現(xiàn)兩個(gè)軟件計(jì)算庫(kù)倫能的函數(shù)是一樣的，為什么相差如此之大呢。而其他的范德華能、鍵能等相差不是很大，哪位高手能給予指點(diǎn)，不勝感激 |
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brigsun
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你好！ 我也遇到類似問(wèn)題，但根據(jù)我的測(cè)試，我傾向于懷疑是lammps中special_bonds的設(shè)置問(wèn)題。 默認(rèn)情況下，lammps是不計(jì)算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我懷疑這個(gè)設(shè)置MS和lammps不一樣，但因?yàn)槲也椴坏組S是如何設(shè)置的，所以我對(duì)比了不同的情況，最后發(fā)現(xiàn)，如果在lammps中不計(jì)算1-2,1-3，但計(jì)算1-4，所得到的LJ能和靜電能（Ecoul+Elong）和MS中是基本一致的。 簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，就是在lammmps中加一句 special_bonds lj/coul 0 0 1 但這僅限于我的case，不過(guò)我建議樓主試一下。 |
16樓2015-12-16 18:20:59
lsloneil
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月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo) 2015-06-02 13:05:32
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月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo) 2015-06-02 13:05:32
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你用的是什么pair_style， 又是怎么把靜電能輸出的？ 如果你使用的相互作用勢(shì)利用ewald summation或 pppm 來(lái)計(jì)算靜電相互作用，那么靜電相互作用被分為短程（實(shí)空間）和長(zhǎng)程（倒空間）兩部分進(jìn)行計(jì)算。在用thermo_style進(jìn)行輸出時(shí)，ecoul對(duì)應(yīng)于短程部分，通常是正值，elong對(duì)應(yīng)于長(zhǎng)程部分，通常是負(fù)值，兩者之和才是總靜電相互作用能。 類似的帖子 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854 |
2樓2015-06-01 06:08:18
lsloneil
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我也不是非常清楚為什么會(huì)出現(xiàn)這樣的結(jié)果。我不是很清楚Material Studio里關(guān)于ewald summation的設(shè)置。你的體系是否是電中性，如果不是電中性的話有時(shí)可能會(huì)有奇怪的結(jié)果。 假如可能的話，可以做一個(gè)簡(jiǎn)單的測(cè)試：這個(gè)體系只包含一個(gè)正離子和一個(gè)負(fù)離子，兩者所帶電荷量相等，這樣整個(gè)體系呈電中性。然后你用Material Studio和lammps計(jì)算相同一個(gè)configruation的靜電能，看是否還會(huì)出現(xiàn)這樣奇怪的現(xiàn)象。 |
4樓2015-06-02 09:34:05
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19樓2016-06-23 06:02:33
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非常感謝你的指導(dǎo)，我的pair_style 選擇的是lj/class2/coul/long 10.0，采用的是ewald summation計(jì)算的靜電相互作用。thermol_style的靜電輸出包括ecoul和elong，其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904，兩者之和還是正值45474.3486，但discover計(jì)算出的總勢(shì)能卻是負(fù)值-41512.690317。理論上來(lái)講，兩者的庫(kù)倫能計(jì)算公式一樣，而且參數(shù)設(shè)置一樣，可是計(jì)算出來(lái)的結(jié)果卻不同 |
3樓2015-06-02 04:25:18
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felixtian5樓2015-06-03 08:07:55
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6樓2015-06-03 10:09:50
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8樓2015-11-09 23:51:06
felixtian
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謝謝回復(fù)。這個(gè)問(wèn)題我看LAMMPS官方的mailing list上也沒(méi)有解答。我贊成是LAMMPS軟件問(wèn)題，而且我認(rèn)為雖然能量可以是正值，計(jì)算結(jié)果不一定對(duì)。比如說(shuō)優(yōu)化，由于靜電力沒(méi)算對(duì)，導(dǎo)致最后優(yōu)化結(jié)構(gòu)出問(wèn)題。另外問(wèn)下，你這個(gè)結(jié)果有做minimization嗎？還是單個(gè)結(jié)構(gòu)能量？還有LAMMPS的結(jié)果如何導(dǎo)入MS的，謝謝。 |
9樓2015-11-10 08:45:50
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