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cs2951819銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
RT-PCR引物設(shè)計(jì)小白求問(wèn) 已有1人參與
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我已知一個(gè)基因的mRNA序列，現(xiàn)在我想根據(jù)mRNA序列，最終得到DNA序列，并做表達(dá)，那么我做RT-PCR，根據(jù)mRNA設(shè)計(jì)引物，5’和3’端的引物分別是什么呢？ 5’端引物和mRNA是互補(bǔ)，3’端引物和mRNA序列一致？比如我隨便舉個(gè)mRNA序列例子，如下：TTCCCGAGCTCACCTTCCAGCCCAGCCCCGCCCCCGACCCGCCTGGCGGCCTCACCTACTTTCCCGTGGCCGACCTGTCTATCATCGCCGCCCTCTATGCCCGCTTCACCGCCCAGATCCGAGGCGCCGTCGACCTGTCCCTCTATCC，求大神告知，兩個(gè)引物大概應(yīng)該是什么樣的？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
cs2951819: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-06-01 15:39:32
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
cs2951819: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-06-01 15:39:32
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首先，你說(shuō)的mRNA應(yīng)該是某基因的表達(dá)標(biāo)簽，完整的EST應(yīng)該包含有CDS全長(zhǎng)和5’-、3’-UTR區(qū)域。這個(gè)通常需要用你材料的cDNA為模板擴(kuò)增。 至于引物，找到你的模板序列，一般用primer premier軟件進(jìn)行設(shè)計(jì)。設(shè)計(jì)出來(lái)的引物，通俗點(diǎn)說(shuō)，你應(yīng)該發(fā)現(xiàn)其正向引物與模板中某一段一致，反向引物與模板中某一段反向互補(bǔ)。這兩個(gè)引物之間即是你要擴(kuò)增的片段。 做定量表達(dá)，其長(zhǎng)度最好在80-250 bp之間，并且靠近3’-UTR區(qū)，設(shè)計(jì)兩對(duì)引物最好。 |
2樓2015-06-01 14:40:19
cs2951819
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2015-06-01 15:39:33
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