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趙紅霞鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
Gromacs 溶劑可及表面（SAS）的計(jì)算源代碼 已有1人參與
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我在MS里計(jì)算的軌跡想在VMD里算親水和疏水部分的溶劑可及表面（SAS） 現(xiàn)在遇到的問(wèn)題是，在VMD里可以用measure sasa命令算整個(gè)分子的SAS，但是沒(méi)法算各個(gè)部分對(duì)于SAS的貢獻(xiàn)。就像gromacs里那樣。 所以，我想看下gromacs里如何實(shí)現(xiàn)這一過(guò)程，卻不知道在哪里查看源代碼，請(qǐng)各位熟悉gromacs的幫忙 另，在VMD里如何算出各個(gè)部分對(duì)于SAS的貢獻(xiàn)？ 或者誰(shuí)知道如何將MS里的軌跡轉(zhuǎn)化為pdb格式，這樣我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存為pdb只能存當(dāng)前幀構(gòu)象，不是軌跡。 |
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趙紅霞
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3樓2015-09-17 11:11:15
趙紅霞
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